万历三十七年（1609年），熊廷弼继续留在辽东。上年年底，新任辽东总兵杜松在辽西塞外哈流兔地方大败蒙古插汉部（察哈尔部）中的拱兔部落的捷报，而宁前道副使马拯则参劾其误攻“款夷”（已归顺明朝的部落）、擅起边衅，这些事务都需要熊廷弼参与处理。熊廷弼内心也不赞成杜松“杀款”之举，但为了避免刺激杜松并伤害士气，在奏疏中肯定了杜松的胜利，同意发下赏赐，并严防拱兔报复，神宗采纳了他的意见。到了三月，拱兔果然发起报复，在大胜堡（今辽宁锦州凌海市大胜堡村）奇袭明军，屠杀百姓，熊廷弼将此败归咎于杜松“杀款”，使其被罢免。言官宋一韩、朱一桂又弹劾熊廷弼苛责杜松、偏袒马拯，并且不应重视“款夷”，熊廷弼则在数月内五疏驳斥，还举出了杜松强买人参、貂皮以及滥杀降夷、克扣饷银等更多罪行（后又驳斥两次，但与杜松无关）。熊廷弼还特别注意到努尔哈赤逐渐强大及其对明朝的威胁，而辽东的“屯塞、城堡、墩台、壕堑、军马、器械、钱粮之类一无足恃”。他在六月十八日借努尔哈赤的军队在靖安堡踩踏田禾以及在抚顺关勒索人参钱等事警告朝廷，辽东兵备松弛，如不“蚤发内帑，以济紧急”，辽东将失，进而危及蓟州乃至京师。神宗同意从一些部门抽出三十万两运往辽东，整顿兵备。经过他对辽东的一番巡按，辽东地区“风纪大振”。

熊廷弼在辽东功劳卓著，朝廷欲直接起用他为辽东巡抚，被熊廷弼推辞。万历三十九年（1611年），都察院左副都御史许弘纲提议让熊廷弼提督北直隶学政，但与熊廷弼、郭正域为敌的言官段然不想让熊廷弼来北京，便向吏部尚书孙丕扬提议将熊廷弼调任提督南直隶学政，理由是“南中人才盛，非文望莫能鉴；士风悍，非威望不能警”，熊廷弼文武兼备，十分合适，于是孙丕扬同意调动。六月二十三日，熊廷弼正式被任命为提督南直隶学政。七月二十五日，熊廷弼入山海关，八月初七日抵京，在向神宗呈上了请求赈济遭受水灾的京东百姓的奏疏后，南下赴任督学。

熊廷弼在南直隶，“性伉急，见诸生，虑无不谩骂顿挫”。他针对当地士子沉迷诗文、不看《性理大全》《通鉴纲目》等书、“无实学”的特点，厉行整顿士风、扭转学风。当时学校考试分为“经（经义）”“论”两种，由考生自选。熊廷弼鼓励选择“经”的学生，打压选择“论”的学生，由此罢黜了乡绅权贵子弟，提拔了许多寒微之士。他毫不顾忌地方权贵，曾有一次将考试中行为不当的一名常州籍大官的公子绑起来杖责，迫使该大官闯入其衙门救出自己的儿子。他的刚正严明让许多南直隶士子愤愤不平，骂他“与士为雠”，东林党人尤其对他不满，认为他就是存心打压东林党，因此他与江南乡绅的关系十分紧张。随后，熊廷弼惹上了麻烦，太平府生员梅宣祚勾结他的族中兄弟梅振祚、梅子祚、梅羽祚、梅俞祚、梅望祚以及宣党首领汤宾尹的族人汤必守将一名姓徐的妇人藏在家中作为性奴，宣城生员苏海望、李茂先、冯应祥、芮永缙等报官，最后双方都受到官府处罚。万历四十年（1612年），熊廷弼到宣城巡视岁考之际，有人向他举报苏海望、李茂先、冯应祥、芮永缙的劣迹，熊廷弼为了整顿士风，对这些滋事生员予以杖责，其中芮永缙被打死。翌年正月，应天府巡按御史荆养乔在辞官时弹劾熊廷弼为献媚其好友汤宾尹而故意杀死芮永缙。左都御史孙玮着手调查此案，熊廷弼也被迫回籍听勘。负责调查的御史徐应登证明熊廷弼并无讨好汤宾尹之事，也对梅家深恶痛绝，其所作所为无可指摘，熊廷弼得以过关。

尽管如此，熊廷弼并未复职，而是在家中赋闲。此后他不过问朝政，“一切除目、邸报不入目者七年”，除了修桥筑堤等涉及民生的事项外，他从来不主动拜谒官府。万历四十二年（1614年）母亲去世后更到乡下居住，即使有时回城也是在园中种树、养鱼、下棋而已。万历四十六年（1618年），努尔哈赤起兵攻明，杨镐被起用为辽东经略。朝廷本来也想起用熊廷弼为监军，但杨镐之前在辽东巡抚任内就与时任巡按的熊廷弼不和，所以阻止了此议。翌年三月，杨镐组织的进剿努尔哈赤的明军于萨尔浒之战中溃败，群臣纷纷建议起用熊廷弼，于是神宗在万历四十七年（1619年）三月二十二日拜熊廷弼为大理寺左寺丞兼河南道监察御史，宣慰辽东军民。四月十二日，熊廷弼接到圣旨，四月十七日离家北上。本来廷议是想让他取代杨镐，但当时的首辅方从哲袒护杨镐及李如柏，又压了两个月。等到开原陷落，神宗才在六月二十二日正式任命熊廷弼为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史、经略辽东。

万历四十七年（1619年）七月初六日，熊廷弼陛辞，随后带着尚方宝剑前往辽东。行至锦州的十三山驿，得知铁岭陷落，辽东局势更加危急。八月初二日，熊廷弼在海州（今辽宁海城）与杨镐交接，翌日兼程进入辽阳。熊廷弼一路上都看到往西边逃窜的辽东军民，不断派人劝止。等他到了辽阳后，就逮捕了将家眷搬出城的前知州李尚浩，并要求富户把搬到城外的家眷迁回，由此人心得以稳定。接着，他还斩了逃将刘遇节、王捷、王文鼎及贪将陈伦，设六坛以哭祭死难军民，并赶到最前线的沈阳，布置防御事宜。然而此时辽东精锐丧尽，援兵迟迟不来，尤其是能够制敌的火药只剩一千余斤，令熊廷弼吓出一身冷汗。所幸努尔哈赤在打下开原、铁岭后并未进攻辽阳、沈阳，而是转攻北关（叶赫部），因此辽东明军得以有喘息之机。在努尔哈赤攻北关之际，熊廷弼派辽东三总兵李如桢（驻沈阳）、李光荣（驻沈阳）、贺世贤（驻虎皮驿）到抚顺一带虚张声势，途中遇到一千后金兵，贺世贤将其赶走，但其他两总兵退却，因此贺世贤仅斩获十级。熊廷弼不仅未能达到声援北关的目的，还更加看穿辽军战斗力之低下。八月二十四日，沈阳各营军丁正在挖营盘时，得到北关陷落的消息，纷纷逃走。熊廷弼赶紧派开原道佥事韩原善去镇抚，韩原善不敢去，熊廷弼又派分守道阎鸣泰到沈阳，行至虎皮驿，看到南逃的军人后也回到辽阳，力言沈阳不可守，应专守辽阳。贺世贤也有这样的建议，熊廷弼也赞成此议，遂采取“并沈保辽”之策。他还反复强调李如桢不堪任用，遂改由李怀信代之，并将李光荣调往辽西，由援辽总兵柴国柱与贺世贤、李怀信镇守辽东。

万历四十八年（1620年）正月，熊廷弼见努尔哈赤并未进攻，便重新部署沈阳的防守事宜，为此筑沈阳城与奉集堡，同时亲往抚顺故城，查勘地势。数月劳累之下，熊廷弼在五月二十一日一度呕血，六月初一日才重新办事，初四日就前往新修的奉集堡视察，接着又前往清河、宽奠、镇江一带视察，十六日才回到辽阳。在此期间，后金又开始对辽东展开小规模骚扰，先后袭击了秃老婆山城、花岭山城、王大人屯、白官人屯等山城、屯寨。七月底，神宗驾崩，努尔哈赤趁机于八月亲自率军进攻沈阳，熊廷弼于二十一日披甲从奉集前往沈阳督战。后金军先攻蒲河所（今辽宁省沈阳市蒲河城址），贺世贤前往救援，在野战中被后金击败，得尤世功接应后退守沈阳城，此时熊廷弼已率副将李秉诚、赵率教等赶到，后金军于二十二日夜撤离出境，是为蒲河之役。此役明军伤亡三百余人，只斩四级，但保住了沈阳城，熊廷弼也看到了“奴贼渐知内地之有兵，官兵亦渐知自身之有胆”的些许变化。

在熊廷弼守辽东的一年间，屡屡催促朝廷调来道将（监军道和将领等文武官员）、援兵及饷银等，但进展十分缓慢，令性急的熊廷弼十分恼火。他在万历四十七年（1619年）十一月二十六日点名大骂“兵部尚书黄嘉善、户部尚书李汝华身担兵饷重担，皆图全躯保妻子，莫有肯为皇上拼死力争、上紧干办者，何况各省镇督抚诸臣？……日挨一日，不致亡辽东、危北京而使皇上独当大祸不已也。当此之时，即按丁汝夔、王忬、王汝孝等故事尽戮诸臣，亦何补于成败存亡之数哉！”万历四十八年（1620年）五月，患病的他在上疏中批评“朝臣太平优游，官盛任使；皇上深居静摄，禁不闻声”，并大声疾呼“请问皇上要辽东否？再问朝臣要辽东否？”此语被视为“要挟”“无人臣礼”。神宗生前并未责怪他言辞激烈，而是称赞他“一意振刷，恢复封疆，朕深切倚赖”。等到神宗死后，朝臣就开启了对他的弹劾。第一个弹劾他的是奉命巡视辽东的太常寺少卿姚宗文，在八月二十五日上疏指责熊廷弼在五、六月间应对后金骚扰的过程中前后说法不一，掩过邀功，并数落他“兵马不训练，将领不部署，人心不附戢，至工作之无时而已，刑威之有时而穷，废群策之不足以图大功，恃独贤之不足以成大事”。据说此次弹劾是因为姚宗文此前请熊廷弼帮他办事未被答应以及认为熊廷弼待他无礼所致。在此次弹劾尚未解决之际，明光宗驾崩，明熹宗登基，对熊廷弼的弹劾仍在继续。熹宗登基六天后的九月十二日，御史顾慥弹劾熊廷弼逗留不进，存在讳败、邀功、劳师、耗财、傲气、告病等诸多罪状。翌日，另一御史冯三元弹劾熊廷弼“无谋者八，欺君者三”，熹宗遂命九卿科道讨论熊廷弼的问题。张修德、魏应嘉、杨涟、王继曾等科道官纷纷指出熊廷弼任上的各种过失。熊廷弼一面辩解，一面求去。最后吏部尚书周嘉谟等开会决定罢免熊廷弼，九月二十一日得到熹宗批准。十月十七日，熊廷弼与新任经略袁应泰交接，卸任辽东经略。不仅如此，朝廷还要派人去辽东查勘熊廷弼的过失，熊廷弼在给友人的信中感慨“辽已之亡而致存，不佞（指他自己）且之生而致死”，随后回籍听勘。本来朝廷准备派弹劾熊廷弼者之一的魏应嘉去辽东，后来受到阁臣方从哲、刘一燝等及言官吴应琦、杨涟的反对，才派兵科给事中朱童蒙去。至天启元年（1621年）闰二月，朱童蒙呈上了一份肯定熊廷弼功大于过的报告，认为熊廷弼能保全辽东数万生灵，其错误在于任性使气。熹宗遂下旨嘉奖熊廷弼“力保危城，功不可泯”，决定“及时起用”。

天启元年（1621年）三月，还没等朝廷给熊廷弼安排新的职务，后金就大举攻明，辽阳、沈阳等辽河以东七十余城全部陷落，袁应泰、贺世贤等文武大员死难。阁臣刘一燝将这一局面归咎于罢斥熊廷弼，要求重新起用他。不过兵科给事中郭巩反对起用“丧师误国、假病欺君”的熊廷弼。熹宗斥罚了郭巩，于三月二十四日起用熊廷弼为兵部右侍郎，四天后下达敕书，表达之前罢免他的后悔之意。尽管时人将熊廷弼视为“汾阳（郭子仪）再世”，但熊廷弼却对辽事感到悲观，在给家乡友人张五云的信中说自己“外无应援，内无帮助，七尺之躯，已拟交付朝廷，置成败死生于度外矣”。五月，熊廷弼抵达北京，觐见熹宗，请求不要追究当初弹劾自己的言官的过失，熹宗不听，将姚宗文革职为民，贬谪冯三元、张修德、魏应嘉、郭巩等出京。六月初一日，熊廷弼提出封锁后金、稳扎稳打的三方布置之策，主张复设经略于山海关，统筹指挥。六月初六日，熊廷弼被升为兵部尚书兼都察院右副都御史，经略辽东等处军务。一个月后，熊廷弼陛辞，熹宗除专敕外，加赐敕书一道、尚方剑一把，副总兵及以下将官允其先斩后奏，另外拨给他京营五千人，随行领军将官纻丝一表里、银二十两，标下各军每名银二两。熹宗还赐给熊廷弼大红麒麟服、纻丝四表里、银五十两，并赐宴都城外，五府、戎政、部院堂上掌印官陪饯，表现出对他极高的期待。

熊廷弼上任后不久，就与驻扎辽西最前线——广宁（今辽宁北镇）的辽东巡抚王化贞不和。王化贞主张在三岔河（辽河下游）岸上布防，以图进取；熊廷弼明确反对，认为辽河狭窄，后金军骑马就能渡过，到了冬天，河水结冰，渡更加容易，而且沿河堡垒小，难容重兵，这种防线十分脆弱。熊廷弼的意见是在河岸布置小股侦察兵，然后多置烽火台，保持预警系统畅通；大部队集结在广宁附近，构筑若干营盘，互为掎角，围绕广宁坚城进行防守。监军御史方震孺支持熊廷弼，王化贞之议也就作罢，但“经抚之争”的局面从此开始。在其他方面，熊、王也多有争执。七月，王化贞派毛文龙奇袭镇江（今辽宁丹东九连城镇），熊廷弼认为此举打草惊蛇，为时过早；八月，王化贞要渡三岔河袭击海州，熊廷弼不得已率十几名家丁前去接应，但奏称海州取易守难，不宜轻举，王化贞果然无功而还；九月，王化贞以为能借得蒙古林丹汗四十万大军来助，熊廷弼则强调蒙古人不可靠，应注重培养明军自身的力量。就连各地援军的名号叫“平辽”还是“平东”，熊廷弼和王化贞都要起争执，王化贞要用“平辽”，熊廷弼认为这会刺激辽人，主张改为“平东”或“征东”。双方矛盾可以说到了水火不容的地步。而朝中的兵部尚书张鹤鸣则偏袒王化贞，与熊廷弼为难。如熊廷弼想起用佟卜年招抚辽人，就遭到张鹤鸣的反对，所以佟卜年未能被用于辽东。十月底，王化贞又准备渡辽河，由于张鹤鸣和王化贞一直主张经略出关，熊廷弼不得已率麾下五千人出关，十二月初抵达广宁右屯卫（今辽宁凌海市右卫镇）。此时，王化贞又自以为李永芳能当内应，再加上首辅叶向高是他的座师，更加得意忘形，扬言“请兵六万进战，一举荡平”。熊廷弼则奏请按王化贞说的办，并马上罢免自己，“以无摧战士之气，灰任事之心”。“经抚之争”由此达到高潮。

天启二年（1622年）正月十二日，熹宗命九卿科道开会讨论“经抚之争”的问题，27人支持王化贞，52人中立，只有李精白和徐扬先二人明确支持熊廷弼。讨论的结果是赐王化贞尚方剑，命其专管广宁事，熊廷弼改用他任。还没等熹宗正式裁决，就得知努尔哈赤入犯的消息，熹宗只好责令熊、王二人以大局为重，继续合作，功罪一体。努尔哈赤于正月二十日渡过辽河，进攻广宁。此前熊廷弼已部署刘渠以两万人驻守镇武堡，祁秉忠以一万人驻守闾阳堡，罗一贯以三千人守西平堡。由于内奸孙得功作祟，广宁在两天内就失陷，熊廷弼安排的三员守将先后战死，王化贞从广宁城中仓皇出逃，其所期盼的林丹汗援军并未及时赶到。努尔哈赤进攻广宁时，熊廷弼听从监军道邢慎言的建议，于二十一日率兵前往闾阳应援广宁，但佥事韩初命反对救援，熊廷弼又在二十二日傍晚出闾阳，整队前往大凌河。翌日，熊廷弼见到了狼狈的王化贞，挖苦道：“六万军荡平，竟何如？”王化贞深感惭愧，接着询问防守宁远、前屯之计，熊廷弼表示因王化贞贪功冒进，一切为时已晚，护送百万军民进入山海关才是当务之急。正月二十六日，熊廷弼回到山海关，辽西遂被放弃。但努尔哈赤占领广宁后没有选择长驱直入，因此广宁之战的后果并未扩大化。

熊廷弼回到山海关三天后即上疏请罪，说已经在准备囚车，只等将数十万乱军难民安置好，就把自己装进囚车前往北京。熹宗回旨：“封疆失守，熊廷弼罪将何辞？姑准戴罪守关、立功自赎。”天启二年（1622年）二月初六日，熹宗又听从兵部侍郎王在晋的建议，敦促熊廷弼、王化贞等出关收复失地，以立功赎罪。内阁首辅叶向高也写信给熊廷弼，警告“不出，则于法无贷，吾再不能救护”，但熊廷弼已经预知自己未来“终不免于逮且死耳”的命运，并未出关。二月十一日，通政司右通政许维新、朱一桂与大理寺左少卿冯从吾、太常寺少卿董应举、太仆寺少卿何乔远合疏请逮熊廷弼、王化贞。两天后，御史贾毓祥请求逮捕熊廷弼、王化贞，叶向高票拟逮捕王化贞，命熊廷弼回籍听勘，得到熹宗批准。礼科给事中周朝瑞上疏请求留用熊廷弼，叶向高票拟“熊廷弼留着用”，熹宗大怒，命宦官询问叶向高为何如此票拟，叶向高回答：“熊廷弼似胜王化贞。”熹宗知道后，讽刺道：“熊廷弼走得快，果胜。”随后不再有留任熊廷弼的呼声。三月初四日，新任大学士孙承宗上疏请求逮捕熊廷弼，熹宗乃下令将熊廷弼下法司提问。四月初一日和初九日，新任刑部尚书王纪、左都御史邹元标、大理寺卿周应秋两次会审熊、王二人，熊廷弼主张自己的本职是驻守山海关，对广宁陷落没有责任，王化贞则坚称广宁陷落是由于熊廷弼不来救援。三法司认同王化贞的说法，认为熊廷弼逃跑弃地的责任不可推卸，于四月十七日上奏，请求将熊廷弼、王化贞都判处死刑，特别提到熊廷弼判死刑存在是与之前的经略杨镐、袁应泰比较的结果，说他“比之杨镐更多一逃，比之袁应泰反欠一死。若厚诛化贞，而廷弼少及于宽……不唯无以服天下万世之心，恐无以服杨镐、袁应泰之心矣”。熹宗依拟。

不过，三法司的审判结果只是迎合皇帝，迟迟没有确定熊、王二人行刑的时间，尤其是参与审案的刑部主事顾大章认为熊廷弼罪不至死，所以熊廷弼、王化贞都未被立即处死。阁臣叶向高和孙承宗虽然起初并不站在熊廷弼一方，但始终不同意处死熊廷弼。天启二年（1622年）七月，即将进入秋天，御史刘徽上疏催斩熊、王，叶向高票拟等法司决定，而法司却拖了下来。九月，叶向高以王化贞在蒙古人中有威信为由，请求停刑赦免熊、王二人，熹宗允许暂缓处死，但没有赦免二人。天启三年（1623年）十月，又到秋后问斩之际，叶向高又趁熹宗第一次郊祀之机，请求停刑，熹宗允许。天启四年（1624年）秋，叶向高已去位，正在关外督师的孙承宗又上疏请求给杨镐、熊廷弼、王化贞减刑，熹宗允诺不杀他们。朝中也一直存在伸救熊廷弼的声音，先是周朝瑞与徐大化之间的互劾，接着又是王纪和大学士沈㴶之间的互劾，此外还有杨维垣参劾顾大章收了熊廷弼4万两银的贿赂，为其辩护免死，周朝瑞、王纪、顾大章都是东林党人，他们或反对处死熊廷弼，或拖延熊廷弼行刑时间，而徐大化、沈㴶、杨维垣则是浙党或齐党，先后投靠了熹宗宠信的宦官魏忠贤，他们要求立即处死熊廷弼。就这样，熊廷弼的生死直接与党争挂钩。由于东林党在朝中尚有相当的势力，所以熊廷弼的行刑一直悬而未决。在这三年秋天，熊廷弼都会与其他死囚一起被押出狱参加朝审，途中路人往往捡起瓦砾朝他扔去，以致头破血流，狼狈不堪，而人们见到王化贞则叹息不已（也有说法是这些所谓路人其实都是王化贞的亲属或党羽收买来羞辱熊廷弼的，以制造为王化贞脱罪的氛围）。

天启五年（1625年），东林党彻底失势。徐大化于二月上疏提醒有股势力（即东林党）在包庇熊廷弼，导致其迟迟没有行刑，并暗示熊廷弼向东林党人行贿。其后熊廷弼向汪文言贿赂求生的证供被提交，甚至还有人说杨涟弹劾魏忠贤二十四大罪的奏疏就是熊廷弼起草的，形势急转直下，催斩的奏疏接踵而来，从五月到八月，连续有御史门克新、石三畏等人相继上疏请诛熊廷弼。压倒熊廷弼的最后一根稻草则是冯铨。据说他看到绣像小说《辽东传》中有其父子奔逃一回，而此书又将熊廷弼描述得十分正面，因此在八月二十一日的文华殿经筵中与顾秉谦等阁臣一起举出此书，奏请杀熊廷弼，得到熹宗批准。八月二十五日，熹宗正式下令对熊廷弼行刑。八月二十八日五更，山东司主事张时雍去提人，熊廷弼已经醒了，从容换洗收拾，把衣冠整理好。狱卒催他赶紧的，熊廷弼正色道：“我大臣也，还要拜旨，岂得草草？”张时雍见其胸前挂着一个袋子，问是什么，熊廷弼说是谢恩疏（一说辨冤疏），张时雍说：“你没读过《李斯传》吗？囚犯有资格上书吗？”熊廷弼说：“这是赵高的话！”张时雍为之语塞。随后，熊廷弼被押赴西市，斩首示众，临刑前作“可惜复可惜，报国心寸赤”的长篇绝命辞，在刑场上“挺立不跪，下刃仅及半，行刑者即以刀逆割之”。首级则被传送九边示众。

天启六年（1626年）九月，巡关御史梁梦环奏称熊廷弼之前所经手的军费中有170020两不知下落，暗示由其私吞，熹宗下旨湖广巡按追赃，抄熊廷弼的家，将其家产变卖后充公，来补贴重修三大殿工程。于是熊廷弼的三个儿子被湖广巡抚、巡按投入江夏县狱。十二月，广东道御史刘徽奏称熊廷弼家产百万，其所私吞的军费远不止梁梦环所说的十七万，要求进一步加强对熊家的追赃，得到熹宗的批准。江夏知县王尔玉趁机向熊廷弼索要貂裘帽、番布、古董等物，稍不如意就威胁以严刑，熊廷弼长子熊兆珪不堪凌辱，自刎于狱中。熊廷弼的遗孀陈氏前往江夏县衙喊冤，王尔玉又剥去她的两个丫鬟的衣服，杖责四十。熊廷弼的财产凑不够数目，于是抄他的姻亲家，与熊廷弼沾亲带故的家庭几乎都为之破产。

崇祯元年（1628年）正月，新皇帝崇祯帝接受兵科给事中李鲁生的建议，停止对熊家的追赃。七月，候补工部主事徐尔一上疏为熊廷弼伸冤，请求对熊廷弼平反昭雪，崇祯帝不允。

崇祯二年（1629年）闰四月，熊廷弼之子熊兆璧请求收葬其父尸骨，大学士韩爌等阁臣票拟允许，被崇祯帝删去。五月十九日，韩爌等上阁揭解释熊廷弼的功过，崇祯帝终于批准。后赠谥号“襄愍”（具体时间不明，有记载称是南明时期）。

清乾隆四十七年（1782年）十二月，乾隆帝在阅读了《明史·熊廷弼传》后颇为感叹，下令访求子孙。后访得其五世孙熊泗先，录用为官。

熊廷弼一生的主要事迹与辽东息息相关。他先后三次驻守辽东或山海关，第一次是巡按，后两次是经略。他在三次驻辽期间的贡献与影响如下：

朱由校：

朱童蒙：臣谨看得旧经略熊廷弼者，有挥霍之雄才，有沉毅之雅度。极其全力，固能担人之所不能担；骋其偏锋，亦能忍人之所不能忍。任事才十余月，而辽阳顿塌之城如新，丧胆之人复定，奉集、沈阳三空城，今日俨然重镇矣。曾几何时，而金汤鼎峙恃以无恐，迄今民安于居、贾安于市、商旅安于涂，使后之人因以为进战退守之地。臣入辽阳，官民士庶垂泣而思，遮道而愬，谓数万生灵，皆弼一人之所留，是其精力在于此，其得谤亦在于此也。惟是致辨死丧一节，哓哓于有花名、无花名，以争多寡，独不思边疆杀伤，止论失事，不论数目，恶得无罪？臣以为廷弼更有大罪焉。蒲河之役廷弼策马先驱，以救北关，何其壮也！至则诸将不欲再战，威以赐剑，而亦不前。廷弼见官兵退怯，知事不可为，始灰心称疾求去，忠臣必不如是。然而廷弼之罪，又自其任性致之。廷弼性急，而辽人素习怠缓，性不急则工不完，工不完则无可恃以守。况又非常之行，黎民惧焉，凡借砖于巨室、采木于围林、移石于坟墓，止求应急，至于督工修筑，刻期责报，乡绅子衿，役无割免，又朿缚悍弁，斥逐庸吏，能无腾谤声乎？言官得之风闻胪列入告，廷弼盛气相加，屡疏致辨，非所以待言官，亦非大臣所以自待。廷弼功在存辽，敕谕所谓功浮于罪者矣。

刘一燝：

王纪（一说执笔者应朝玉）：若熊廷弼才识气魄，睥睨一世，往年镇辽而辽存，去辽而辽亡，关系似非小可。再起经略，廷弼居然以卫霍自许，而人亦莫不卫霍廷弼也。入都之日，儿童走卒亦相率焚香罗拜，喜其来而悲其晚，即我皇上赐剑、赐蟒玉，侑以金帛，饯以九卿，殊宠异数，近世未有，廷弼何以仰答眷知，副此千载一届之盛际哉？追惟初出春明门，即徼有“控扼山海”之旨，识者已知其无意于广宁矣。抵关以复，却微有可观，如言我兵不宜浪战、西虏不足尽信、永芳降情之叵测、广宁人心之不固，语语若持左券，其料事之知，岂不远过化贞哉？独其刚愎之性、虚骄之气牢不可破，以争毛文龙功罪一事开衅化贞，水火之形既分，玄黄之战遂力。今日具一疏，明日具一揭，笔锋舌陈，相寻不已，而搜乘训士，厉兵秣马，凡可以为守备计者，悉等闲置之。迨虏骑动地而来，错愕不知所出，急急飞檄催战，若将曰“胜可以成吾之名也，即败亦可以验吾之言也，吾已筹之熟矣”，不知前后矛盾，战不成其为战，守亦不成其为守，反以巧而成拙也，虽欲引平昔主战主守之说以求未减，其可得乎？向使虏警告急之日，廷弼肯仗义誓师，或卷甲疾赴广宁，提一剑以勘祸乱，或坚垒固守右屯，收余烬以图恢复，反败为功，死且不朽。计不出此，一闻大兵溃败，疾呼不救，先奔榆关，尚书平日何等威风，一旦作如此举动，岂不负国恩而遗笑于天下乎？即有盖世之气、料事之明，亦不足以赎丧师失地之罪矣。嗟嗟！封疆大臣破坏封疆，国有定律，百口何辞？乃会鞫之日，剌剌不休，若谓不宜与化贞同科。讵知功罪一体，明旨昭然，即廷弼与化贞书札，亦有“吾两人同功罪祸福”之语，可至今日移易其说乎？廷弼试扪心一思，丧师失地同，抱头鼠窜又同，而其罪安得有差等？胡不引从前经略观之也？比之杨镐，更多一逃；比之袁应泰，反欠一死。若厚诛化贞，而廷弼少及于宽，政罪同罚异，非刑也，不惟无以服天下万世之心，亦恐无以服杨镐、应泰之心矣。宜用重典，以警将来。

韩爌（一说执笔者钱龙锡）：若廷弼当日罪案始未，亦有可言。皇祖朝戊申、己酉间，廷弼以御史巡按辽东，时奴酋尚喙伏款贡，廷弼早策其必为辽患，请核地界、请饬营伍、请联络南北关，大声疾呼，人莫为应，十年而验若左劵，其可言者一；戊午、己未，杨镐三路丧师，抚顺、清河陷没，皇祖用今督臣杨鹤言，召起廷弼代镐。廷弼在任年余，筑城浚濠，修守侍战，奴未能得志。会皇祖宾天，廷议以为缓于奏凯，攻之使去，袁应泰代为经略，四阅月而辽亡。使廷弼彼时在事，奴未猖獗至此，其可言者二；辽阳旣失，先帝思廷弼言，再起田间，复任经略。时抚臣主进战，廷弼主固守，群议皆是抚而非经，廷弼连章累牍，力陈玩师必败、奸细当防，莫有听者，徘徊踯躅，以五千人驻守右屯，抚臣兵十三万驻广宁，奴过河而广宁溃，右屯与之俱溃，其可言者三。假令廷弼于此时死守右屯，捐躯以殉封疆，岂非节烈奇男子？即不然，支撑宁、前、锦、义之间，扶伤救败，收拾残黎，犹可图桑榆之晚效。乃张皇风鹤，偕化贞并辔入关，其意以为我固尝言之，言而不听，罪或当末减。此则廷弼私心短见，挟懻昧之浅衷，误疆圉之大计，其究竟杀身，以此杀身而无辞，公论亦以此，今传首边庭，头足异处，自亦足为临难鲜忠者之炯戒矣。然使诛廷弼者按封疆失陷之条，堂堂正正，偕同事诸人一体伏法，廷弼九原犹当目暝。乃先以无影贿赃拷坐杨涟、魏大中等，作清流之陷阱，既又以刋书惑众，借题偏杀，身死尚悬坐赃十七万，辱及妻孥，长子熊兆珪迫极自刎，斯则廷弼死未心服，海内才臣义士亦多愤惋。窃特以封疆二字碍口，未敢讼陈于皇上之前耳。臣等窃平心论之，自有辽事以来，骗官营私之辈不知凡几，廷弼再任经略，不取一金钱，不通一馈问，终日焦唇敝舌，与人争言大计，如其家事身事，似犹此善于彼。魏忠贤盗窃威福，士大夫只为爵禄二字靡然从风，廷弼一长系待决之人，屈挠则生，抗违立死，乃终不改其强直自遂之性，以致独膺显戮，慷慨赴市，其耿耿侠肠，犹未尽泯。

袁崇焕：

夏允彝：自有辽事，所用人鲜能有胜任者。当时所望成功，惟熊廷弼、袁崇焕、孙承宗为庶几……廷弼刚而骄，唾骂一世，谓皆出己下：此虽成功，亦不能居，况功未成乎？……当其督学江南，行法极严，然严而不当，如郡邑一概衔私，致孤寒垂塞，或有不平之鸣，但知严处士子而已，不能破情面也。即此亦见其不足有为矣。

高汝轼：廷弼慷慨挥霍有余，涵养温恭则不足，高言雄气，不肯下人，世多以刚愎虚骄目之。自有辽事以来，再任经略，不取一金钱，不通一馈问，终日焦唇敝舌与人争言大计，视国如家，第以经抚见左，复与中枢宿怨，动辄掣肘，愤激坐视，遂膺显戮，悲哉！然当事者亦无意即杀，自杨、左起而廷弼之死决矣。故曰：廷弼不死于封疆而死于时局，不死于法吏而死于奸珰也。珰谓不以封疆串移宫，则不能创大狱；不以封疆受贿诬诸臣，则不能作清流之陷井。不杀廷弼，则不能借题追赃、加诸臣以身后之诛。夫贻悮封疆，伏法何辞？然终不死于封疆而死于时局、不死于吏议而死于奸珰，是以九泉之下，目不瞑耳。

黄尊素：熊芝冈刚傲，人多不悦。

黄景昉：熊廷弼起经略尚书，赐一品服，赐上方剑，得斩副总兵以下。行日赐宴都门外，五府、戎政、部院掌印官各陪饯，何等隆重！竟一奔溃结局。即廷弼自念，更何面目处此？况复以其身贻累杨左诸公乎？死晚矣！

文秉：嗟乎！抚当敌而经守关，此熹庙旨也。广宁之弃，非熊也；辽阳之陷，非熊也；杨镐、王化贞安坐福堂，而独杀一弼，则弼之死非死于法，而死于局，局之为言，何以瞑槀街之目哉！

谈迁：

张岱：熊廷弼之逆料辽事，所谓不幸而臣言中也。拯溺救焚，间不容发，审其势而急援之，岂不才智两得乎？乃如良医料死，惟愿速其死，以神吾料症候既明，而不思救药，则亦何贵于良医哉？至如广宁一败，并辔入关，方幸幸然快其言之验也，譬犹操舟者料舟之必覆，及果覆矣，而不知其同在舟中也。噫，亦愚甚矣！

邹漪：公生平殆始终辽事云。方公之受敕也，则曰“驻扎山海、调度三路”，上之谕公也，则曰“严饬兵将、控扼山海”。是朝廷命公之信地在山海也。广宁、右屯非公信地也，山海固无恙也，而谓巡抚弃广宁当死，经略弃右屯当死，可乎？尤可笑者，不死于右屯之失，而死于妖言之条；不死于经抚俱当论死之议，乃先杀经而欲活抚，所云祥刑，是耶？非耶？虽然，公不死而天子赦还，不过一隳功老尚书死牖下耳。淹淹死牖下，毋宁烈烈死西市。至今扤捏者，或辟，或戍，或城旦、鬼薪，甚有鬼凭其吭者，安在无天道耶？呜呼！一腔热血，不能洒神宗、光宗之灵举前，按辽、经辽二十载，功绩灰于一掷，岂不痛哉？公真可谓劳臣也巳！

计六奇：广宁事，廷弼以控扼山海而罪其西奔。然王化贞一败实为首罪，廷弼但不能收散卒固守宁前耳。惟杀化贞而戍廷弼，始称平允，至于传首九边，过矣！

徐开任：宋室之不竞，欲杀岳武穆、剪敌忌以坏长城者，独一秦桧耳。今举朝皆桧，欲求公之不死、辽事之克振，其可得乎？予读《经略奏牍》，未曾不服其才、悲其遇，而恨当事之误国、台省之构陷也。噫！

查继佐：

赵吉士：

万斯同：

张廷玉：惜乎廷弼以盖世之材，褊性取忌，功名显于辽，亦隳于辽。假使廷弼效死边城，义不反顾，岂不毅然节烈丈夫哉！

乾隆帝：

张佩纶：廷弼有意气以取祸，非肯贿赂求缓者。释而背赂，犹虑复逮，安有身在狴犴、忽贿忽背、自速其祸？廷弼有智计，亦断不至愚妄如此。疑忠贤索赇不应，故既杀其身，又诬以家资百万，以破其家，当时清流务攻廷弼，而反授忠贤以柄，悉以受贿坐之。吁！可叹也。熊之罪在轻去化贞，而反与化贞同退，盖度量狭而意气豪，方自以为料事多中，可收效于桑榆，而不知朝廷之上，朋党成群，不论是非，而论同异也。观此，足为叔季处功名之鉴。

孟森：廷弼再出为经略，实处处失策。三方布置，己驻山海，而使广宁前敌委之妄騃之王化贞。登、莱、天津之师何尝一用？而御敌进止之权反由化贞为主。明代最重死节，反与化贞同以逃溃为名。邢慎言请驰救被沮，高邦佐请还守不从，视生命太重，将无欲留其身以有待耶？抑亦明于料敌而黯于谋身矣。

蔡东藩：熊廷弼、孙承宗二人为明季良将，令久于其位，何患乎满洲？廷弼可杀，承宗可罢，镇辽无人，满军自乘间而入。明之祸，满洲之福也。虽曰天命，宁非人事？

萧一山：熊廷弼、袁崇焕、孙承宗，皆以盖世之才，治辽事而有余，然或内毁于阉党，外罹于反间，不终其位。

李光涛：熊廷弼与辽东，就其大旨言之，可分三编记之：①巡按辽东；②代杨镐经略辽东；③再次经略辽东。在这三次使命中，无论任何一次，只须明帝予以全权处理，那就是，知之独深，任之独事，用之独久，果能如此，则是辽事可平的。可惜明季朝廷不能如此，当廷弼在辽之日，辽患稍息，则浮议竞起，尤其是最后一次，有经略之名，无经略之实，且以辽抚王化贞掣肘之，使槃槃大才，不能展其所长，卒致辽事大坏，广宁失守，而廷弼亦以是论死。

阎崇年：熊廷弼第一次赴辽，声名有嘉；第二次赴辽，整顿有方；第三次赴辽，有功有过——建言辽东布局，广宁指挥失误。……尽管熊廷弼做了党争的牺牲品，传首九边，蒙受大冤，但是，今天我们总结历史经验教训，不得不考量熊廷弼作为广宁之役明朝辽军的主帅，在兵略和指挥方面的失误。论者不能以怜悯熊廷弼个人悲剧的结局，而忽视对其失误做理性的评判。第一，于“三方布置”，熊廷弼有三个疏忽。……其一，三方布局，不切实际……其二，海上舟师，望梅止渴……其三，借兵朝鲜，一厢情愿……熊经略三赴辽东，其前功可奖，忠心可嘉，雄心可钦，冤死可悯；但其“三方布置策”，未料彼己，浮泛不实，断难操作。如按其策行，即使没有王化贞掣肘，辽阳也肯定不能收复，广宁也难保不失。第二，在广宁之战中，熊廷弼有三个失误。其一，未能集中兵力，凭城固守。……其二，未能赴汤蹈火，坚守广宁……其三，未能收拾散卒，御守宁前……总之，熊廷弼为人刚正清廉，有胆有谋，为挽救辽东危局做出了贡献，是整个明末辽东主帅中少有的人才。但是，熊廷弼长于谋划布局，短于带兵实战；长于争言大计，短于肝胆气节。他在与敌人交锋时指挥失当，又身陷党争，做了明朝腐败政治的牺牲品。有人说，广宁之失在于经抚不和。诚然，经抚不和是明朝丧失广宁的一个重要因素。但是……将帅统兵与敌争战，胜则庙堂受赏，升官晋爵；败则降官受罚，甚至丧身。将者既为死官，则应预先把自己置于死地，而后方可不死。如熊经略临危出关，身守广宁，胜或功罪相抵，败或捐躯殉国——七尺之躯，死得壮烈，庙堂受谥，名垂千古！何至传首九边，罪连妻孥，殃及母子。所以，熊廷弼一次赴辽，二次赴辽，胆略可嘉；三次赴辽，节气有亏……熊廷弼缺乏赴汤蹈火、生死不顾和铁肩担道义、与城共存亡的气节！知荣止耻，廷弼为戒！……后来的袁崇焕，在气节这一点上要胜过熊廷弼。

熊廷弼的祖父熊大选早年曾梦见子孙会出大官，但过了三十年后仍然没有得到应验。熊廷弼到十五岁时还是放牛郎，但却十分喜欢读书，熊柏觉得父亲的梦可能应验于自己儿子身上，便告诉熊大选。熊大选将熊廷弼带到他的侄孙熊廷立（熊家当时唯一的生员）书屋里。书屋的窗子以纸为障，熊廷立就对熊廷弼说：“听说你七八岁就能做对子，今天我出一对：‘纸糊窗眼，余光照我甚玲珑’。”熊廷弼很快回答：“丝作琴弦，遗韵入人真雅妙。”熊廷立说他是“朱丝庙弦”，值得栽培。于是当天熊廷弼就脱下牧童的衣服，沐浴更衣，跟随熊廷立读四书五经。

熊廷弼巡按辽东的一年，发生旱灾，南四卫（金、复、盖、海）受灾尤其严重。熊廷弼巡行至金、复州，在城隍庙祷雨，约定七天内下雨，不下就斩了城隍。等熊廷弼北行至广宁时，已过了十天，熊廷弼便派两名指挥前往金、复州，将城隍神像斩首。熊廷弼返回辽阳，到了三岔河时，突然雷雨如注。第二天，海盖道阎鸣泰也驰报降雨，人们为之惊讶，认为是熊廷弼精诚感动上天所致。

熊廷弼督学南直隶期间，亲自批阅考卷，他把所有考卷放在自己衙门的一个长桌子上，左右置酒一坛、剑一口，遇到好卷子就喝口酒，遇到差卷子就舞剑。因此南直隶的有才之士都获得拔擢。其中一名才士叫冯梦龙，他喜作小曲，引得浮薄弟子争相购买，以致倾家荡产。这些人的父兄为此控告冯梦龙，冯梦龙难以解决。正好熊廷弼休假，冯梦龙乘船前往江夏请求熊廷弼帮助。熊廷弼答应，但并未说如何帮助，而是先请他吃饭，吃的都是枯鱼焦腐和糙米饭。冯梦龙难以下筷，熊廷弼说：“你们吴地书生往往早晚都吃美味佳肴，我这么草草准备，似乎也不是招待你的办法。但丈夫处世，不应要求饮食质量。能饱餐粗茶淡饭的人，真是英雄啊！”说完就大口地吃，而冯梦龙只吃了一点而已。熊廷弼回到自己房间，写了封信，出来给冯梦龙，要求他顺路给自己的朋友，却仍未提如何帮助冯梦龙。临走前，他又送了个数十斤的大冬瓜给冯梦龙。冯梦龙内心失望，而其本来文弱，提不动冬瓜，还没登舟就把冬瓜扔掉。几天后，冯梦龙经过某个大城市，将信转交给熊廷弼的朋友，熊廷弼的朋友阅信后邀请冯梦龙访问自己家中，用大鱼大肉和清歌妙舞来款待冯梦龙，并在临别前向冯梦龙赠送三百两白银。与此同时，熊廷弼早已写信给司法官员，解释冯梦龙的官司问题，请他们判冯梦龙胜诉。原来熊廷弼爱冯梦龙之才，但需要对过于出风头的他予以敲打，同时见他行李很少，便通过将他介绍给自己的一个富有的朋友来接济他，并悄悄写信来解决此事。

天启年间，熊廷弼第二次经略辽东时，松江人朱本洽、嘉兴人钱士晋分别出任永平、大名知府，熊廷弼欣赏两人的才干，对两人说：“辽事当与共功名！”两人恭维熊廷弼说他上任必能灭后金，熊廷弼握着两人的手，悄悄说：“你们都是善解人意的人，为何说这样的话？辽事还能有所作为吗？我只是寻找一个散场而已！”有人猜测他上任就是为了找茬怒骂他人，以求速归。

后金攻广宁之际，身在闾阳驿的熊廷弼对此忧心忡忡，有一天晚上喝酒，想到后金猖獗，大呼：“可恨！”没想到屏风后也有“可恨”之声，熊廷弼大惊，说：“是甚么人做声？”屏风后又传来“是甚么人做声？”熊廷弼对身边人说：“快去后面看来！”屏风后又传来同样的声音，身边人进去后，回报屏风后没有人，熊廷弼说：“好古怪，难道有这样事！”屏风后又传来同样声音，于是他亲自前往屏风后，结果只发现一个铜盆，熊廷弼说：“这又来作怪了！”铜盆也说：“这又来作怪了！”熊廷弼吩咐：“快把水来倾掉了！”铜盆也发出同样声音。等水一倒，铜盆就不再回声。

相传熊廷弼在狱中时，总有一个藤枕不离其身，不仅寒暑睡觉时用此枕，而且焚香遥拜皇帝时也用此枕，狱卒问他藤枕是怎么回事，熊廷弼笑而不答。等到他被斩后，熹宗下令传首九边，刑部官员准备取他的头颅，却发现头颅不见了，刑场上只有他平时所用的藤枕。魏忠贤亦要求隐瞒此事，所以被传于九边的首级不是熊廷弼的。全祖望认为这可能是因为熊廷弼学过道家兵解之法。

熊廷弼生前留下大量诗文，具有很高的史料价值，入清后曾遭禁毁或窜改。今人李红权根据《辽中书牍》（明万历三十九年刻本）、《按辽疏稿》（明万历刻本）、《熊经略疏稿书牍》（明末广陵汪修能重刊本）、《熊襄愍公集》（清嘉庆十八年熊氏腴经堂刻本）四种底本，将熊廷弼传世诗文整理为《熊廷弼集》。另有《芝冈诗》及其自传《性气先生传》的单行本等作品失传（在清代将其中涉及后金的“违碍字句”修改后收入《熊襄愍公集》中）。

熊廷弼擅长书法，其墨宝大多已佚失，保存下来的只有行书东园十咏、游八分山所书“白云洞”、“龙阶尺木”匾额、锦州观音阁横匾以及致友人手札等少数作品。

崇祯二年（1629年），经崇祯帝开恩允许，熊廷弼次子熊兆璧将父亲的遗骸奉安故里，葬于江夏县纸坊驿西官坊岭（今武汉市江夏区第一人民医院旧址）。清乾隆年间，武昌知府章培基奉旨对年久失修的熊廷弼墓进行复修，还兴建了三处熊公祠。除了熊廷弼墓旁的祠堂外，一处在武昌府城黄龙寺街（今武汉市武昌区梅亭山侧），俗称“熊大司马祠”。还有一处在熊廷弼拓荒开基的金口凤凰山下家中，俗称“熊享堂”（今武汉市江夏区金口街洞山桥村熊享堂湾）。1960年，因建设县医院而拆除熊廷弼墓及其祠堂。

1986年，武昌县（今武汉市江夏区）人民政府在纸坊街修建了“熊廷弼公园”以表永久性的纪念，并重修了熊廷弼墓（熊公墓）和熊公祠，建飞白亭，立纪念碑与塑像。

民国三十四年（1945年）日本投降之际，国民政府议定，尊熊廷弼为民族英雄，将武昌扩宽东厂口（今武汉市武昌区阅马场）至宾阳门（今大东门）的路面命名为熊廷弼路，“文化大革命”期间废除此路名。

1993年，江夏县（今武汉市江夏区）政府组织兴修熊廷弼街。