嘉永5年（1852年）2月16日、兄で先代藩主の通明が病を理由に隠居したため、その後を継いだ。翌年、ペリーの来航で国内が混乱すると、通胤は幕府に対して诸藩の意见を広く求めるべき、と荐めている。しかしそれが原因で幕府に疎まれ始め、安政元年（1854年）に勤王的な藩士2名が脱藩すると、幕府から嫌疑をかけられることを恐れて老臣5名を辞任させ、幕府に谢罪するなど、开明的ではあったが小藩さながらの力の无さを露呈させてしまった。安政6年（1859年）11月、32歳で死去し、子の久留岛通靖が後を継いだ。法号は叡泰院。