清政府在乌鲁木齐设都统，都统与将军品级相当。在伊犁、塔城、喀什设参赞大臣。喀什参赞大臣全称“总理回疆事务参赞大臣”，其驻地曾一度从喀什迁往乌什和叶尔羌。清政府在新疆的军事指挥系统分为北路、南路、东路三部分。在北部的伊犁、塔城；在南路的叶尔羌（今莎车）、喀喇沙尔（焉耆）、和田、喀什、阿克苏、库车、英吉沙、乌什；在东路的吐鲁番、哈密、镇西（今巴里坤）、古城（今奇台）、库尔喀喇乌苏（今乌苏）等城，设立领队大臣、办事大臣或协办大臣。各级大臣负责统率各地驻防清军，监督管理各地政权。北路各级大臣受伊犁、塔城参赞大臣节制；南路各级大臣受喀什参赞大臣节制；东路各级大臣受乌鲁木齐都统节制。全疆各级大臣都受伊犁将军统辖。