九卿之外，有执金吾掌京师治安，将作大匠掌宫室、宗庙、陵寝及其他土木营建，大长秋掌宣达皇后旨意与管理宫中事务。九卿加上此三卿即为十二卿。

魏晋以后，尚书机构得到迅速发展。尚书台的总人数由秦时的七人猛增到六十多人，成为中央执行政务的总机关。以后尚书各曹逐渐变为部，到隋唐时确定为六部，唐代定名为吏、户、礼、兵、刑、工，此后一直沿用到清代。六部是隋唐以后主要的政务部门。

①吏部掌管全国文职官吏的任免、考课、勋封等事；

②户部掌管全国户口、土地、赋税、钱粮、财政收支等事；

③礼部掌管礼仪、祭祀、科举、学校等事；

④兵部掌管武官选用及军事行政；

⑤刑部掌管全国司法行政；

⑥工部掌管各项工程、工匠、屯田、水利、交通等事。

因为六部取代的秦汉九卿的大部分职权，九卿名称虽还存在，但内容有很大变化，有的甚至完全不同了，如：

①太常称太常寺卿；

②光禄勋称光禄寺卿；

③卫尉称卫尉寺卿；

④太仆称太仆寺卿；

⑤廷尉称大理寺卿；

⑥宗正称宗正寺卿；

⑦大鸿胪称鸿胪寺卿；

⑧大司农称司农寺卿；

⑨太府称太府寺卿。

九寺到清代只剩下五个：即大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺。

北魏、北齐设置的昭玄寺，以大统、统为长官，是我国第一个掌管佛教的专门机构。

隋唐开始设五监。唐代的五监是：国子监、少府监、将作监、军器监、都水监。

①国子监是主管学校教育的机构；

②少府监是掌皇家钱财、皇室用品供应及各项宫廷服务事宜的机构；

③将作监是掌宫室、宗庙、陵寝及其他土木营建的机构；

④军器监是掌管军器制造、保管、发放的机构；

⑤都水监是掌河渠、津梁、堤堰等事的机构。

五监到清代只剩下国子监，而另四监都先后归并工部。在明清时新设钦天监，掌天文历法。除此外，隋唐至清代还先后设立太医院，宗人府等。清代的中央行政部门可以归结为六部、五寺、二监、二院、一府，共十六个机构。

六部九卿中的六部和九卿一直分别各有所指，但到明代，六部九卿合成一词，指六部长官，也就是六部尚书与通政使司长官通政使、大理寺长官大理寺卿、都察院长官左都御史，此国家政府中分管国家各项工作的九位最高长官，合称：六部九卿