1923年3月13日，出生于新疆尼勒克县。早年在新疆从事教育工作，后被新疆军阀盛世才关进监狱。

1944年，释放后参加新疆三区革命。

1944年9月2日，新疆北部尼勒克县乌拉斯台地区人民为反抗国民党统治，举行武装暴动。不久，这场暴动发展到伊犁、塔城、阿勒泰地区，亦称“三区革命”。

1945年7月，在伊宁以暴动队伍组成的游击队指挥部为基础，成立新疆民族军，刚刚出狱的马尔果夫·伊斯哈科夫投身革命，参加了民族军。

1949年12月，加入中国共产党，后任中国人民解放军第5军副军长兼参谋长、军长。

1951年1月，民族军在伊宁改编为中国人民解放军第5军，马尔果夫·伊斯哈科夫在第5军任职。