钟鸣旦教授长期致力于欧洲汉学研究，他对十七世纪中欧之间的文化交流尤其是中国文士对欧洲文化接受及反应有着浓厚的研究兴趣，并取得学术界公认的卓越成就。其主要著作有：《杨廷筠－明末天主教儒者》，此书于1987年由香港圣神研究中心出版后，又于2002年由北京社会科学文献出版社再版；《本地化：谈福音与文化》、《可亲的天主：清初基督徒论‘地’谈‘天’》、《文化相遇的方法论：以十七世纪中欧文化相遇为例》、《教会中的‘他者’：来自中国的教训》、《礼仪的交织：明末清初中欧文化交流中的丧葬礼》等，并与其他学者合作编辑多本书籍。同时，他还在国际刊物和书籍上发表了60余篇颇具影响力的学术论文,如《基督教在华传播史研究的新趋势》、《简论明末清初耶稣会著作在中国的流传》、《17世纪早期中国的圣经》、《晚明中国耶稣会与科学分类法》、《南怀仁的‘穷理学’》等。