成为南方军司令

在本尼迪克特·阿诺德叛国事发之后，格林接管指挥西点驻军。1780年10月，华盛顿选派格林接替身在南部的霍雷肖·盖茨。后者此前在卡姆登战役中遭受了近乎致命的失利。

尽管莫里斯顿的冬天异常艰难，尽管南方出现了灾难性的态势，尽管阿诺德叛变，但在1780年依然有三个因素推动美国的革命事业继续向前发展。其一就是：大陆会议遵从华盛顿的建议，任命格林接替盖茨。格林发现，指挥的难度“大大超出了我的想象”。他的小小部队处境悲惨，而随着反叛分子和托利党人犯下“可怕的、肆无忌惮的伤害、谋杀和各种以前闻所未闻的暴行”，社会纽带已分崩离析。但格林却巧妙地将爱国者的劫掠行为与军队行动相协调，使军队渐渐地蓬勃壮大起来。尤其让格林感到振奋的是丹尼尔·摩根的到来，因为摩根曾经指挥步枪队在于伯戈因作战中有过杰出表现。

游击战略显神威

任命格林为南方军司令，大力开展游击战，民兵们以灵活机动的战术打击康瓦里斯的英军，使之陷在南方战场的泥潭不能自拔，终于在约克镇遭到灭顶之灾。

格林是一个不循规蹈矩的战略家，只要能带来巨大好处，他就敢于冒重大的风险。他在1780年12月开始担任司令，将本来就人数处于劣势的部队一分为二，自己和摩根各率一支，故意向敌人示弱。摩根的部队在考彭斯战役中给予英军沉重打击。

康沃利斯急于重振英军的威望，率部进行追击，于是开始了一场犬兔相逐的游戏。格林自愿扮演兔子的角色。将康沃利斯引出南卡罗来纳后，游击队员就可以相对安全地骚扰敌军哨所。但这场游戏依然是铤而走险。美国的后卫部队常常和英军的先头部队遭遇，但格林总是机敏地避开英军的大部队，并最终度过丹河，进入弗吉尼亚。由于士兵疲惫，康沃利斯又折回到希尔斯巴修整部队。格林判断战机已到，于是再渡丹河。两军在吉尔福德县遭遇，展开了一场激烈的战斗。结果，英军在吉尔福德之战中虽然获胜，但却付出了昂贵的代价。康沃利斯损失惨重，不得不转移到威尔明顿进行修整，靠从海路获得补给。不久，他进驻弗吉尼亚，因为认为那里是革命的南部中心。这次转移抛弃了那些一直以来为英国军队提供支持，反过来也希望得到保护的亲英分子。

当康沃利斯进入到老自治领州弗吉尼亚之时，格林掉头南下去收复南北卡罗来纳和佐治亚。在这些地方，弗朗西斯·洛德·罗顿指挥的8000名英军出于分散驻防状态。格林在霍布科克山与罗顿交战，罗顿为英国赢得了又一场没有意义的表面胜利。就在美军的主力牵制着罗顿让他忙得不可开交的时候，游击队员逐个拔除了英军一些孤立的哨所。9月初，格林与罗顿的继任者亚历山大·斯图尔特在尤托斯普林斯激战三个钟头。如果说民兵在坎登表现不佳的话，那么现在则以英勇的战斗挽回了声誉。与吉尔福德县及霍布科克山战斗一样，英军虽又赢得了胜利，却也遭受了不可弥补的损失。尤托斯普林斯之战是格林的最后一战。格林无法说自己哪一仗取得了胜利——考彭斯一战功在摩根，但他和游击队员却再度收复了除萨凡纳和查尔斯顿以外的所有南方地区。格林的作战行动和华盛顿在特伦顿和普林斯顿的战斗一样，并列为独立战争中最为辉煌的战役。

随着格林军事活动的减少，战争的最后一幕在弗吉尼亚展开。格林的民兵部队打游击战拖住英军主力，美法联军采用战略机动，合围英军主力于约克镇。随后康沃利斯投降，约克镇战役结束。

战后解甲归田园

随着战争结束，格林两次拒绝出任美国陆军部长，就此解甲归田，先后居住在罗得岛州和佐治亚州萨凡纳山庄，1786年6月在离萨凡纳不远的马尔伯里格罗夫（MulberryGrove）去世。

他是美国独立战争中仅次于乔治·华盛顿的出色统帅，也是倍受美国人崇敬的民族英雄，他赤胆忠心，顽强刚毅，用兵灵活机动，擅长随机应变，堪称军事天才。格林不是常胜将军，他在独立战争中曾在战术上多次为英军所败，但他是一位天才战略家，他的南方战略取得了完胜，若无他在南方大败英军之举，华盛顿很难取得独立战争的最终胜利。他指挥的考彭斯之战被称为美国本土上进行的最出色的战术作战之一，被誉为“美国的坎尼战”。