清朝顺治六年（1649），改江南江西河南三省总督为江南江西总督，驻江宁（今南京）。顺治九年短暂迁至南昌，时称江西总督，不久复回驻江宁。顺治十八年，分别设置江南总督及江西总督。康熙四年（1665）， 将江南、江西总督合并为一；康熙十三年，仍分置江南总督及江西总督；至康熙二十一年，再次合并，名为两江总督，成为定制，江西总督之官职遂废。