龙凤三年（1357年）七月，韩宋江南等处行中书省平章政事朱元璋命行枢密院判官邓愈率大军下徽州，邓愈的部属张思镇守朱升的家乡休宁。已是59岁的朱升通过张思认识了邓愈，邓愈推荐，朱元璋召见，遂赴应天府（今南京），首陈“高筑墙，广积粮，缓称王”三策。

龙凤四年（1358年）十一月，朱元璋听说朱升在家乡建一新楼，亲笔题“梅花初月”四字楼额以贺。

吴元年（1367年）四月二十二日，朱元璋母亲的忌日，诣庙祭，毕，退御便殿，谓侍臣朱升曰：“昔吾母终时，吾年甫十七，侍母病，昼夜不离侧，吾次兄经营家事，母遣吾，呼与偕来，嘱曰：我今病度不起，汝兄弟善相扶持，以立家业。言讫而终，今大业垂成，母不及见，语犹在耳，痛不能堪也！”因悲咽泣下，群臣莫不感恻。

五月二十四日，初置翰林院，学士正三品，侍讲学士正四品，直学士正五品，修撰典簿正七品，编修正八品，召知饶州府陶安为学士。授朱升侍讲学士、中顺大夫。制曰：“朕闻洙泗集群贤之大成，新安为文公之阙里，先后相望，斯文盛昌。况新安之有人，与前贤而同氏，允为博古通今之士，耆年硕望之英，是宜备顾问于内庭，参密命于翰苑。惟兹华要，用宠师儒，朱升趋锵礼法之场，超擢传注之表，群经独得其趣，诸子莫遁其情，网罗百家，驰骋千古。自其潜心积虑，至于皓首苍颜，用功勤矣。朕开基以来，岁每征聘，戋戋束帛，为矜式于国中；青青子衿，来英才于馆下。议礼作乐，郊庙所资；修己及人，国家所尚。擢登玉署，侍讲彤闱，凤池兼掌乎丝纶，麟史仍参于笔削。天地交泰，有资赞翊之功；云汉昭回，共致文明之治。可授翰林侍讲学士、中顺大夫、知制诰、同修国史。”

秋，上《贺平浙江赋》，援据儒家的“攘夷”理论，为朱元璋对两浙的军事行动进行辩护。蒙元占领中国末期，群雄当中，张士诚接受蒙元封爵，名义上归顺蒙元，方国珍则在朱元璋和蒙元之间首鼠两端、依违不定，故朱元璋是“驱胡虏而复圣域，变左衽而为衣冠，再造之功于是为大，自开辟以来，帝王之兴未有盛焉者也！”

十一月二十日，朱元璋以翰林侍讲学士朱升年老，免其朝谒。

洪武元年（1368年）正月初四，朱元璋继皇帝位，建元洪武，国号大明。二月十一日，定宗庙时享之礼，翰林学士陶安、侍讲学士朱升、待制詹同等奏：“按《礼》，古者礿祠烝尝，四时之祭，三祭皆合享于祖庙，祭于各庙者惟春为然。自汉而下，庙皆同堂异室，则又四时皆合祭矣。今四庙时享，亦宜仿近制，合祭于第一庙，庶适礼之中，无烦渎也。”明太祖命春特祭，余三时合祭。

三月一日，明太祖命翰林儒臣修《女戒》，谓学士朱升等曰：“治天下者，修身为本，正家为先。正家之道，始于谨夫妇，后妃虽母仪天下，然不可使预政事。至于嫔嫱之属，不过备职事，侍巾栉若，宠之太过则骄恣犯分，上下失序，观历代宫阃政由内出，鲜有不为祸乱者也。夫内嬖惑人，甚于鸩毒，惟贤明之主能察之于未然，其他未有不为所惑者，卿等为我纂述女戒及古贤妃之事可为法者，使后世子孙知所持守。”

洪武二年（1369年）正月十三日，定翰林院官制，承旨正三品，学士从三品，侍讲学士正四品，侍读学士从四品，直学士正五品，典簿正七品，属官待制从五品，修撰正六品，应奉正七品，编修正八品，典籍从八品。以朱升为翰林学士。

三月四日，翰林学士朱升等奉敕撰斋戒文曰：“凡祭祀，必先斋戒而后可以感动神明。戒者，禁止其外；斋者，整齐其内。沐浴更衣，出宿外舍，不饮酒，不茹荤，不问疾，不吊丧，不听乐，不理刑名，此则戒也；专一其心，严畏谨慎，不思他事，苟有所思即思所祭之神，如在其上，如在其左右，精白一诚，无须臾间，此则斋也。大祀，斋戒七日，前四日为戒，后三日为斋。中祀，斋戒五日，前三日为戒，后二日为斋。”既进览，明太祖曰：“凡祭祀天地、社稷、宗庙、山川等神，是为天下生灵祈福，宜下令百官一体斋戒，若自有所祷于天地百神不关于民者，恐百官斋戒不致专精则不下令。”明太祖又谓省臣曰：“朕每祭享天地百神，惟伸吾感戴之意，祈祷福祉以佑生民，未尝敢自徼惠也，且斋戒所以致诚，诚之至与不至，神之格与不格，皆系于此。故朕每致斋，不敢有一毫懈怠，今定斋戒之期，大祀以七日，中祀以五日，不无太久，大抵人心久则易怠，怠心一萌反为不敬，可止于临祭斋戒三日，务致精专，庶几可以感格神明矣。”命太常著为令。

三月六日，翰林学士朱升以年老乞致仕，诏许之。与刘夏交流《易经》。

洪武三年（1370年）十二月病逝于家，享年七十二岁，葬于盐城西区北龙港镇南龙港东首文曲沟北。

朱升一生著述颇多，有《周易旁注前图》十二卷、《尚书旁注》六卷、又《书传补正辑注》一卷、《诗旁注》八卷、《三礼旁注》《四书旁注》《小四书》《刑统赋解》《孙子旁注》《老子旁注》《枫林文集》。传世至今的有《周易旁注前图》《小四书》《枫林集》。

为大明朝制定了礼乐制度，并收集后妃的故事，编修了《女诫》一书。为明太祖朱元璋提出““高筑墙，广积粮，缓称王”战略方针。

岁辛卯，淮西兵起，明年自蕲渡江者，蹂饶䧟徽，江东大扰。至于丁酉六月之间，胜负相寻，徽民受兵者凡十有二矣，而犹不知所终也。于是泗水邓公奉江南行省平章朱公命，由宣取徽，先声所至，不戮一人，郡邑以定。

公淑德夙成，威信昭著，始至则立城堡，作庐舎，旬日竣事而民不知有役；纳降附，下条教，村疃帖服而民不知有军。分兵戍诸县，抡才以官治之，军民有职，上下相维，遗黎乃知免矣。将官张思，总戍休宁县，能宣布公之德美，以福其民庶，又请邑士朱升作颂以传之，颂曰：

徽之为郡，介乎万山，昔有革代，招附以安。

曩岁淮兵，渡江窥浙，直捣于徽，肆其燔劫。

突来荐至，奔北相仍，六胜六负，哀哉民生。

猗与辨章！秣陵开省，勋业崇崇，纪纲井井。

既克宛陵，南复楚强，有献于公，请事徽方。

公曰噫嘻，无穷于远，蕞尔山城，其边三面。

策者曰否，彼邻杭封，全有三关，浙右囊中。

公曰噫嘻，兹为重役，总率招徕，必资淑德。

曰邓友德，兰茁其芽，汝父汝兄，致命邦家。

宣众未降，长枪余党，既屯于徽，惧残彼壤。

事有机速，为我南行，汝亲吾养，汝家吾承。

邓公曰唯，惟辨章令，辨章之心，徽人之命。

爰敕渠师，即日启行，衙兵之胡，新附之汤。

江淮之雄，苗獞之锐，列骑联旗，两州相缀。

惟徽厌乱，城郭久空，诸军毕入，诛其莱蓬。

既栅既城，以营以室，将士分功，成之旬日。

乃纳降附，浆酒温存，受其鸡豚，为之饔餐。

使观其军，使行其垒，意气包涵，家人笑语。

民曰此军，与吾为侪，曩者轹我，今吾服怀。

士曰此军，非曩之匹，阃幕衣冠，中原典则。

曩之来者，驱民为兵，何为强弱，徒歼厥生。

曩之来者，每事报复，指摘吹求，炽然荼毒。

今兹下令，军民判然，不教之众，奔北之先。

今兹下令，新自今日，无长浇风，酷为指摘。

流离还定，渐复其初，里有耕桑，家有诗书。

凡此之功，在于镇静，万喙同声，归功于邓。

镇静之道，制胜之规，谢公指顾，秦败淮淝。

镇静之道，致治之式，曹师盖公，民以宁一。

繄公懿质，辨章登之，进之于学，玉而成之。

云台元功，少年杖策，人谓我公，今之高密。

以究劳绩，以开隆平，秉心勿替，引我民生。

徽民愿公，祝公眉寿，仰彼昊苍，夕昕稽首。

戍将承德，请作诗章，刻之县斋，以传无疆。

钟五行之秀者为人，吾同胞也，奚有华夷之分、内中国而外四夷也？惟中国尽其性而修其行也，夷狄戕其性而亏其行也，与禽兽奚择焉！此所以严华夷之辨，天必眷中国而子之，远夷狄而外之也。

元主中国，天厌之久矣。有大圣人焉，则天必命之以为亿兆之君，而我吴王应运兴焉，渡江而南，定鼎金陵，整义兵，揽英杰，分取江淮城邑，所向无不克捷，戊戌年三月进兵江浙。本年秋冬，浙东城邑渐次而降，至丙午年冬十一月尽有浙西之地，今年丁未秋再取浙东诸路，于是浙江版籍尽输入于建康矣。驱胡虏而复圣域，变左衽而为衣冠，再造之功于是为大，自开辟以来，帝王之兴未有盛焉者也！臣朱升欣忭赋曰：

繄东南之故墟，维浙江之巨泽，领百川而朝宗，恍汪洋之莫极，为武林之渊薮，实湖山之胜迹，吐雾雨兮吸烟云，浮乾坤兮浴日月，盖其形势涣漫，风景苍茫，上映天目，下镇钱塘，漫漫烟水之国，簇簇闾阎之乡，云帆风缆之所集，蛟龙鱼鳖之所藏，西湖映带，十里荷香，泛兰舟兮玩赏，鸣箫鼓兮徜徉，千艘万舶，商贾连樯，货财之富甲于四方。

尔乃海门向曙，红日初辉，潮神鼓勇，鲸波扬威，或浩荡以澎湃，或澄涵而茫弥，或晴辉霁月之流丽，或豚风蜃雨之冥迷，或厉雷劈山而震怒，或千军衔枚而疾驰，或雪山之势屹，或霜练而光披，千态万状而莫测其机。

当其烟横碧渚，日暮苍洲，仙俦巨𩃗，于斯遨游，鼓瑟铿锵，写幽怨于神女；钧天缥缈，奏仙乐于丹丘。风月双清，白雁与飞鸿共唳；水天一色，落霞并孤鹜同游。彼有烟雨下春涛之筏，风帆送醝卤之舟，尔营营兮何知？亦身世之悠悠。嗟夫！桑田海水，更变无休，胥也何憾？激怒气于潮头；镠也何勇？射强弩于蜃楼，英雄何在？陈迹不侔，而此江之水越千古，犹滚滚以长流。

身历兹土，心驰往古，奠我民居，实维神禹，当怀山襄陵之际，任手胼足胝之苦，及其地平而天成，于是考图而贡，可数商贾往来，货财所聚，为东南之都会，膡有资于天府。尝披方舆之书，而考江湖之所由，或以为元气之升降，或以为水月之盈虚，或以为海鳅之出入，是皆未有至论而徒说之疏迂，况登高能赋，可为丈夫，宜乎神游八极之表，而陋彼蠡测之区区也。

方今圣皇御极，明目达聪，海无惊涛，天无烈风，恢八紘于朔土，环四海于辟雍，臣朱升幸际风云佳会，窃附方于夔龙，钦进浙江之图籍，吐浩气于胸中，誓效智力以谋国，竭耿耿之丹衷。

朱升墓位于江苏省盐都区北龙港镇南龙港庄东首文曲沟北侧，其墓已有600多年历史，原墓为圆锥形土丘，高5.5米，底径10.5米，其墓的北侧筑有二条平行的飘带（名为飘带，实为二条长长的土圩，直至文革期间在条田化时被平整），每条宽二丈，长30丈，原墓身占地100多平方米。1999年6月被盐都区人民政府列为县级文物保护单位。2000年初由朱氏后裔集资10万元进行动工修造，市文博部门、盐都区政府和朱氏后裔代表约三千人在朱升墓前举行了隆重的揭碑仪式。竣工后的朱升墓，墓高7.2米，寓意朱升享年72岁，墓地直径13.70米，寓意朱升1370年去世，墓碑总高度为5.8米，寓意朱升在58周岁时向明太祖朱元璋进“九言策”，墓碑主体为汉白玉，其白色寓意朱升一生淡薄名利的高贵品质。墓碑正面刻有“明翰林院大学士朱升之墓”字样，背面刻有朱升生平约300多字。在墓体的形式上，墓墙主体形似粮墩，寓意为九言策中的“广积粮”，在墓道外墙上方建有城墙垛，寓意为九言策中的“高筑墙”，墓侧立有“高筑墙、广积粮、缓称王”的碑石，墓地建筑面积700多平方米。

盐城市大纵湖旅游度假区内东晋水城设有朱升文化馆。为缅怀朱升在文学和军事上的成就，朱升文化馆以现代的手段展示了朱升的思想，时代变迁，但是其文化内核将永远流传。