小马厂河发源于五尖山，靠近南谯区章广乡小马厂，进入樟木山小型水库，出库南流于小朱家入全椒县，经西王集收来自昌家湾之西山区之水后进入岱山水库。出库入肥东县，向东南流于全椒县章辉乡北寺塘，又南流经肥全坝、新坝于安全胡入滁河。长约29.6千米,在全椒县境内约15千米。流域面积289平方千米,在辖区境内为109平方千米。

旧滁州志载：“王家坊有水三道，东一来自昌家湾，中一来自鸦窝集黑郎庙，西一来自小马厂，合流入全椒西旺集”。即指小马厂河几个源流。