他担任了五个月的临时总统（1994年5月12日，1994年10月12日）。

1994年美国政府施加压力，使他们的军事领导人辞职，竞选总统，阿里斯蒂德回到恢复宪法秩序。1994年7月31日，联合国安全理事会要使用一切手段让阿里斯蒂德重新回国执政。在8月中旬，约一百人的联合国观察团前往海地和多米尼加的边界监察走私石油，石油用来支持海地的军事领导人。

作为回应，若纳桑指责世界导致海地局势混乱，并宣布了戒严令，并镇压阿里斯蒂德的支持者。

1994年9月18日，美国总统克林顿把前总统吉米卡特将军鲍威尔和参议员Sam Nunn与埃米尔·若纳桑谈判恢复总统阿里斯蒂德为政府首脑。埃米尔·若纳桑签署协议，若纳桑下台后，阿里斯蒂德返回海地。