后金崇德四年(公元1639年)农历11月8日，清太宗命满洲正白旗统领佟佳·萨穆什喀、镶黄旗统领瓜尔佳·索海等率后金军往征，谕曰：“尔等师行所经屯内，有已经归附纳贡之屯。此屯内又有博穆博果尔取米之屯，恐尔等不知，误行侵扰，特开列屯名数目付尔，毋得违命骚扰侵害。行军之际，宜遣人哨探于前，防护于后，加意慎重，勿喧哗，勿参差散乱，勿忘纪律。尔等此行，或十八牛录新满洲，或添补缺额牛录之新满洲，各固山额真、梅勒章京、甲喇章京、牛录章京，详加查阅，视其有兄弟及殷实者，令从征，尔等亦应亲加审验，左翼主将萨穆什喀，副将伊孙，右翼主将索海、副将叶克书，或两翼分行，则各听该翼将令，或同行，则总听两翼将令，凡事俱公同酌议行之。”

显然，清太宗此次用兵的主要打击目标就是杜拉尔·博穆博果尔，而对“已经归附纳贡之屯，毋得违命骚扰侵害。”并把出征的军队分为左右两翼，左翼主将为萨穆什喀，右翼主将为索海，分行“则各听该翼将令”，同行“则总听两翼将令”，行军之时要求“哨探于前，防护于后，加意慎重”，“勿忘纪律”，以得胜而归。

后金崇德五年(公元1640年)农历3月8日，佟佳·萨穆什喀、瓜尔佳·索海等遣牛录章京法谈、宜尔格得等返回盛京，向清太宗奏报此次进军和战斗情况，奏称：“臣等至忽麻里河（呼玛河）分兵，各旗照定地方攻取。因道路辽远，公同议定，四十日至镶蓝旗派定兀蓝海伦屯。乃令梅勒章京承政伊孙率每旗章京一员，每牛录下兵二人，往喇里阐地方。萨穆什喀、伊孙既行，有铎陈、阿撒津、雅克萨、多金四木城人拒敌不降，因令右翼梅勒章京率兵来助，叶克书、拜、阿哈尼堪、谭布、蓝拜、吴巴海率每旗章京二员，并各旗有俘获者每牛录下兵二人，无俘获者每牛录下兵三人助战。遂克雅克萨城。

当攻城时，焚烧城南关厢，绥黑德汛地先举火，因获其地，八旗章京各一员，各率兵二十人前进。时和托率纛先入，朱玛喇次进，俱以火攻克之。

时有达尔布尼、阿恰尔都户、白库都、汉必尔代四人聚七屯之人于兀库尔城，萨穆什喀、伊孙、穆成格、拜令众军乘旦攻城，嘉隆噶汛地举火，至晚克之。

及至铎陈，力攻一日，至次日，复欲进攻，闻各路报博穆博果尔索伦之兵来战，恐伤我兵，遂还。

兀鲁苏屯之博穆博果尔、索伦、俄尔吞、奇勒里、精奇里、兀赖布丁屯以东，兀术讷克、巴哈纳以西，黑龙江额尔图屯以东，阿里阐以西，两乌喇兵共六千，来袭正蓝旗后队，索海率每牛录兵五人设伏，萨穆什喀护辎重殿后，二人率众章京击败敌兵，斩杀甚众，生擒四百人。

既败博穆博果尔后，随攻取其营。营内敌兵单弱，正白旗先入，正红旗、镶黄旗俱相继驰入，敌遂遁。

又萨必图、卓布退、吴班、宜尔格得率兵九十人，往助萨穆什喀。时有铎陈、阿萨津二城兵四百人阻截，我兵击败之，斩五十人。萨穆什喀令伊孙率章京五员，兵一百三十人，于铎陈地方设伏，斩敌七十人。

又遣阿哈尼堪、巴山、郎图、萨禄率两甲喇兵，往攻挂喇尔屯。屯内人来诣索海言，屯内有索伦兵五百。索海、喀喀木、甘都率兵往攻，夺栅而入，斩二百人，生擒一百三十人。八旗共获男子二千二百五十四人，妇女幼稚共四千四百五十名口，貂、猞狸狲、狐、狼、水獭，青鼠等皮共三千一百有奇，貂、猞狸狲、狐、狼等裘共二十领。”

后金崇德五年(公元1640年)农历3月24日，瓜尔佳·索海、佟佳·萨穆什喀又遣党习、郭查等回盛京奏报疏曰：“臣等前奏获二千二百五十四人，后自额苏里屯以西、额尔土屯以东，又获九百人，共获男子三千一百五十四人，妇女二千七百一十三口，幼小一千八百九十口，共六千九百五十六名口，马四百二十四，牛七百有四。又先后获貂、猞狸狲、狐、狼、青鼠、水獭等皮共五千四百有奇，貂、猞狸狲、狐、狼皮等裘共二十领。”

此次出征，后金军队虽然取得了一些战果，但是反叛首领杜拉尔·博穆博果尔根本就没有被擒获，索伦地区仍未能统一，这与往征的将领所犯错误是分不开的。

出征主将佟佳·萨穆什喀“本旗所得三屯人民，不加抚揖，其弓矢不行收取，又不齐集三屯人民，并归一处，又不严饬兵将留守，每屯止留章京二员，兵五十人，其余兵将俱擅带还，违命不守汛地，竟征正蓝旗地方，以致三屯人叛，镲。既知三屯欲叛，复调还章京三员及众兵，止留章京三员，兵六十人于后，护送疲敝人马，及三屯作叛时，章京二员，兵三十七人俱被杀镲。迨攻作叛之都达陈屯，七旗皆即时运木，萨穆什喀本旗迟至次日方运，镲。博穆博果尔兵攻掠正蓝旗辎重，彼坐视不救，以致甲士二十二，厮卒二十四为敌所杀。”

另一名主将瓜尔佳·索海，“不严守本翼俘获人，又不坚立营寨，各旗人众亦不令各集一队，以致系禁人脱逃，本翼士卒被杀”。

正蓝旗梅勒章京伊孙，“既见博穆博果尔兵攻掠本旗辎重，不急入援，坐待叶克书至，以致本旗甲土、厮卒共四十六人为敌所杀”。正蓝旗将领伊勒慎，擒获叛将噶凌阿，“防守不严，以致脱逃，镲。噶凌阿余党及俘获二百二十人，又不严行系禁，及杜拉尔·博穆博果尔来攻，遂失其地。

及击败杜拉尔·博穆博果尔的反叛联军时，镶红旗汛地追击余军，伊勒慎不于汛地邀截，坐视博穆博果尔及余众二百遁去”。镶蓝旗将领席林，“获噶凌阿之媳，收留帐内，不防守噶凌阿，以致脱逃，及杜拉尔·博穆博果尔来攻，不坚守营寨，为敌所夺，败走被杀”。

因此，清太宗二次对索伦用兵，实际上未能获得全胜，损兵折将，这和主将佟佳·萨穆什喀、瓜尔佳·索海等人指挥有误所致，因此回到盛京后，这二人不久均被议罪，受到惩罚。

但是，这次后金军进兵索伦地区，得到了达斡尔族人部落首领巴尔达齐的支援。当杜拉尔·博穆博果尔叛起，黑龙江“南北各城屯俱附之”时，巴尔达齐“审废兴，明去就，怀忠不二，以庇其族，”因此，“不为动，坚壁待王师”。正如巴尔达齐自己所言：“其小兀喇(即精奇里江)各处皆往助博穆博果尔”，“惟我多科屯人，未曾附逆，”始终坚定的站在后金政权一边。同时，他还协助后金军平叛，即所谓“同党相残，又能率尔兄弟协力纳款，”并进行大量的策反工作，说服了原已参加叛乱的果博尔屯的温布特、博和里屯的额尔喷、噶尔塔孙屯的科奇纳、木丹屯的诺奇尼、都孙屯的奇鲁德、兀喇喀屯的博卓户、得都尔屯的科约布鲁，“七屯之人归朝”，从而削弱了杜拉尔·博穆博果尔的军事势力，为后金军进攻索伦地区作出了贡献。因此，后金军“大捷后，七屯之人已归额驸巴尔达齐”。

清太宗对索伦地区二次用兵，虽然取得了一定的战果，但是首犯杜拉尔·博穆博果尔未擒获，动乱的隐患依然存在，为了统一黑龙江上游广大的索伦地区，于是决定第三次派兵出征。清太宗对诸贝勒大臣曰：“博穆博果尔自叛后抗拒我军，彼时朕已定计，欲令其北遁，以便擒获，故扬言我军将于黑龙江地方牧马，必擒博穆博果尔。”可见清太宗在兴兵之前已设了一计，目的是要擒获杜拉尔·博穆博果尔，平定反叛。

后金崇德五年(公元1640年)农历7月27日，清太宗命梅勒章京佟佳·席特库、富察·济席哈等率护军并征集外藩蒙古官属兵丁往征索伦部，同时遣内大臣巴图鲁詹、理藩院参政尼堪、副理事官纽黑传谕外藩蒙古曰：“所征之官属兵丁，俱会于内齐所居地方，悉令较射，选其壮勇者令席特库等将之以行，以从征官属兵丁之数，敖汉、奈曼、吴喇忒、吴本下巴海、内齐、桑噶尔下穆章及四子部落兵，共二百四十名。令益尔公固、图哈纳、绰隆为向导。其从役官属兵丁，驼马甲胄器械糗粮等物，俱命细加检阅，遣之。”

杜拉尔·博穆博果尔中了清太宗所设之计，率军“北遁”，以待袭击准备帮助后金政权的蒙古军。可是，佟佳·席特库与富察·济席哈却早已经率领后金大军“从蒙古北边往追击之。席特库等越两月十三日，至甘地，获其弟及家属。又越十四日，至齐洛台地方(今俄罗斯赤塔州)，遂获博穆博果尔及其妻子家属，共男妇幼稚九百五十六名口，马牛八百四十四。”

后金崇德六年(公元1641年)农历1月16日，佟佳·席特库、富察·济席哈率八旗护军及外藩蒙古兵，押解杜拉尔·博穆博果尔等人回到盛京，受到清太宗的盛大欢迎。至此，杜拉尔·博穆博果尔的叛金历程被完全平定，后金政权完成了对黑龙江上游索伦地区的统一。

清太宗爱新觉罗·皇太极统一黑龙江上游的索伦地区，具有十分重要的战略意义：第一，索伦诸部归附的人口，皆被编入满洲八旗，扩充了后金政权的兵源和实力，增强了对明王朝战争的军事力量；第二，索伦地区成为后金政权乃至后来满清政府抗拒沙皇俄国势力入侵的前哨阵地，索伦部就是最重要的抗击力量，为保卫国家完整作出了不朽的贡献。

杜拉尔·博穆博果尔被俘后，其后裔族人中有退居阿拉边前屯者，即今俄罗斯西伯利亚尼布楚(阿勒巴金)乌库尔镇，分称阿拉边前氏，世代相传至今。