分子离子是质谱图中最有价值的信息，其质荷比m/z值就是该化合物的相对分子质量，它是质谱图中所有碎片离子的起源。

作为分子离子的必要的(但非充分的)条件是：

(1)必须是质谱图中最高质量的离子；

(2)必须是奇电子离子；

(3)必须能通过丢失合理的中性碎片产生质谱图中高质量区的重要离子。

分子得到一个质子所形成的正离子称为准分子离子。

化合物分子通过某种电离方式，失去一个外层电价电子而形成代正电荷的离子称为分子离子。