天聪八年（1634年），准噶尔部的首领哈喇忽剌去世，其子巴图尔继任首领，对外扩张疆土，并在崇德三年（1638年）在博克塞里（今博克赛尔蒙古自治县）建成自己的城；崇德五年（1640年）参与制定《喀尔喀—卫拉特法典》。 巴图尔被称为巴图尔珲台吉，连续两次击退俄罗斯的侵略，迫使俄罗斯承认了准噶尔汗国，两国互通贸易。此前后金已于崇德元年（1636年）改国号为大清。顺治五年（1648年），巴图尔珲台吉授命喇嘛咱雅班第达将过去的蒙文改造而制定成“托沁”文字，作为准噶尔的统一文字。

顺治十年（1653年），巴图尔珲台吉去世，其第五子僧格继承台吉，但其众兄弟不服，起兵反叛，内战爆发，至十七世纪六十年代，僧格才平定了叛乱，但在康熙十年（1671年），他就被自己的两个哥哥车臣和卓特巴巴图尔暗杀，他的三个儿子都年小，台吉位难以得到延续，正在西藏学习佛学的噶尔丹（僧格之弟）征得老师五世达赖喇嘛的同意，还俗，快速回国，在和硕特首领兼卫拉特盟主的鄂齐尔图车臣汗援助下，擒杀了车臣，并将卓特巴巴图尔赶往青海。噶尔丹自立为准噶尔汗。噶尔丹首先统一了西蒙古诸部，随后，他起兵进攻叶尔羌的黑山派和喀什噶尔的白山派，征服了这个察合台汗国。又于1681年征服了土鲁番汗国的察合台汗。

准噶尔贵族统治厄鲁特蒙古各部后，与清政府仍保持着地方与中央的隶属关系。准噶尔首领巴图尔珲台吉、僧格等，每两年都要向清政府遣使“朝贡”。清政府也赐予大量财物给准噶尔，并经常遣使通报情况。

但是，在准噶尔贵族内部，也有一部分人坚持分裂主义立场。康熙九年（1670年）僧格死后，他的异母弟噶尔丹杀害了他的子嗣，夺得了准噶尔的统治权。噶尔丹是个野心勃勃的阴谋家和卖国贼。在他自任为准噶尔汗以后，康熙十六年（1677年）用计袭杀了和清政府关系最密切的厄鲁特首领车臣汗鄂齐尔图，强占了河套和硕特部，并在该部强征兵丁，准备侵犯青海地区。康熙十七年（1678年），噶尔丹出兵天山南路，占领天山南北广大地区，把广大维吾尔族人民置于其统治之下。噶尔丹取得准噶尔的统治权后，一反其父兄抗击外来侵略、捍卫民族主权的立场，而逐渐走上与沙俄相勾结的道路。噶尔丹在沙俄的挑唆和指使下，开始把注意力转向东方，把矛头指向喀尔喀蒙古。

康熙二十七年（1688年），正当蒙古族人民英勇抗击戈洛文率领的沙俄侵略军时，噶尔丹竟突然率兵越过杭爱山，大举进攻喀尔喀的土谢图汗，从背后向喀尔喀蒙古军民施放暗箭，迫使喀尔喀蒙古诸部南迁。噶尔丹的有恃无恐与沙皇俄国的怂恿和支持密切相关。从康熙十三年到康熙二十二年（1674—1683）间，噶尔丹几乎每年都派人与沙皇俄国相勾结，并“企图同俄国订立军事同盟和求得俄国给予‘军队和枪炮’的援助”。噶尔丹出兵喀尔喀蒙古时，正是喀尔喀蒙古土谢图汗率领蒙古军民抗击沙俄侵略者并包围了沙俄军队于色楞格斯城堡内的关键时刻。结果由于噶尔丹从西面向喀尔喀部发动进攻，使其腹背受敌，迫使土谢图汗只得撤退包围沙俄侵略者的军队，噶尔丹替沙俄侵略者解了围。康熙二十九年（1690年）6月，噶尔丹以追击喀尔喀为名，又向漠南喀尔喀蒙古进攻，俘掠人口，抢劫牲畜。他还公然向康熙帝提出“圣上君南方，我长北方”的要求，妄图把中国北部置于他的统治之下。清政府为了保卫边疆的安宁，反抗沙俄的侵略，对准噶尔部封建主噶尔丹进行了坚决的斗争。

康熙二十九年（1690年）五月，康熙帝玄烨得知“噶尔丹将借兵鄂罗斯（俄罗斯）”，立即传谕在北京的俄国使臣吉里古里、伊法尼齐：“噶尔丹迫于内乱，食尽无归，内向行劫，今仍扬言会汝兵同侵喀尔喀，喀尔喀已归顺本朝，倘误信其言，是负信誓而开兵端也”。既揭露了噶尔丹勾结沙俄的无耻行经，又警告了沙皇俄国。但噶尔丹仍一意孤行，遂于康熙二十九年（1690年）六月，率军两万，以追击喀尔喀蒙古为名，大举南犯，深入漠南蒙古乌珠穆沁一带。由于理藩院尚书阿喇尼等“违命轻战”，以至清军初战失利，噶尔丹军队得以乘势渡过西拉木伦河，深入到距北京仅700里的乌兰布通（今内蒙古昭乌达盟克什克腾旗南境）。

噶尔丹深入喀尔喀蒙古后，康熙帝就谋划剿灭这个与己争夺蒙古高原霸权的强大敌手。清政府在外交上与沙俄侵略者展开针锋相对的斗争，同时在政治上和军事上也作了一系列准备。康熙帝认为，若听任噶尔丹荼毒塞外，将势成毒痈。要使边境得以安定，国家得以长治久安，不能贪图一时苟安之计，而必须顺其民心，消灭噶尔丹叛乱分子，才能保障国内安定。因此，康熙帝决计亲征。

康熙二十九年（1690年）六月，康熙部署是分兵两路出击：左路军出古北口（今河北滦平南），右路军出喜峰口（今河北宽城西南），从左右两翼迂回北进，消灭噶尔丹军于乌珠穆沁地区。康熙亲临博洛和屯（今内蒙古正蓝旗南）指挥。同时令盛京将军（治所今辽宁沈阳）、吉林将军（治所今吉林市）各率所部兵力，西出西辽河、洮儿河，与科尔沁蒙古兵会合，协同清军主力作战。右路军北进至乌珠穆沁境遇噶尔丹军，交战不利南退。噶尔丹乘势长驱南进，渡过西拉木伦河，进抵乌兰布通（今内蒙古翁牛特旗西南）。清左路军也进至乌兰布通南，康熙急令右路军停止南撤，与左路军会合，合击噶尔丹于乌兰布通，并派兵一部进驻归化城（今内蒙古呼和浩特），伺机侧击噶尔丹归路。

乌兰布通位于克什克腾旗（今内蒙古翁牛特旗西南）之西。该地北面靠山，南有高凉河（西拉木伦河上游的支流），地势险要。噶尔丹背山面水布阵，将万余骆驼缚蹄卧地，背负木箱，蒙以湿毡，摆成一条如同城栅的防线，谓之“驼城”，令士兵于驼城之内，依托箱垛放枪射箭。清军以火器部队在前，步骑兵在后，隔河布阵。八月初一中午，交战开始。清军首先集中火铳火炮，猛烈轰击驼阵，自午后至日落，将驼阵轰断为二，然后挥军渡河进攻，以步兵从正面发起冲击，又以骑兵从左翼迂回侧击，噶尔丹大败，仓皇率全部撤往山上。次日，遣使向清军乞和，乘机率残部夜渡西拉木伦河，狼狈逃窜，逃回科布多（今蒙古吉尔噶朗图）时只剩下数千人。

噶尔丹自乌兰布通战败后，仍盘踞科布多地区，集合残部，休养生息，以期东山再起。他一面派人去沙俄活动，企图获取更多的军事支持；一面煽动内蒙古科尔沁等部作乱，并杀害清政府官员，不断骚扰边地安宁。针对噶尔丹的骚扰滋事，清政府除加强军备外，主要是展开政治攻势，以期政治解决。康熙三十四年（1695年）5月，在沙俄的怂恿和支持下，噶尔丹率骑兵3万向东进犯，到达巴颜乌兰一带，又点燃起叛乱的战火。

康熙三十五年（1696年）2月，康熙帝发兵10万，分三路大举出击：东路由黑龙江将军萨布素率黑龙江等地军队越大兴安岭出克鲁伦河进剿；西路由抚远大将军费扬古率陕西、甘肃兵勇由宁夏北越沙漠沿翁金河北上，以断准军归路；中路为主力，由康熙帝亲率出独石口，直奔克鲁伦河，与东西两路协同夹击。康熙帝做了出征前的具体部署，任命各路将领，分配军队名额，并精心筹备战马、军粮、武器等项。中路大军由康熙帝亲自统率，决定于康熙三十五年二月三十日 （1696年4月4日）由北京出发，直奔克鲁伦河，发起主攻。中路大军包括京师八旗满兵、汉军火器营、盛京兵、黑龙江兵、宁古塔兵、宣化府绿营兵、古北口绿营兵，加上喀尔喀诸扎萨克兵1万，约4万多人。另有预备兵及厮役1. 7万人。六位皇子、皇兄裕亲王福全、皇弟恭亲王常宁，诸内大臣、侍卫、大学士、都统、前锋统领、护军统领等随军从征。康熙帝与士卒共甘苦，每日一餐，时常“俟众军士结营毕，始入行宫。营中皆炊饭，然后进膳” 。由于中路军准备充足，康熙帝事必躬亲，行军极为顺利，几乎未遭损失。

噶尔丹得知康熙皇帝亲自统率大军进抵克鲁伦河时，不敢迎战，尽弃庐帐、器械，乘夜西窜。清军进抵巴颜乌兰时，扑了个空。康熙帝为了捕捉噶尔丹叛军主力，一面命总兵岳升龙、马进、白斌等率精兵轻骑穷追噶尔丹叛军；一面密谕西路军统帅费扬古堵截噶尔丹叛军脱逃之路。抚远大将军费扬古正率西路军北进，得报噶尔丹踪迹，即令署前锋统领硕岱等且战且退，将噶尔丹诱至昭莫多（今蒙古国乌兰巴托宗莫德市），昭莫多北依肯特岭，东峙丘陵，西临河水。十三日，费扬古分兵4队：东翼为京城及西安八旗兵、察哈尔蒙古兵，屯营高处；西翼为大同总兵康调元所率绿旗兵及右卫八旗兵、喀尔喀蒙古兵，沿河布阵；将军孙思克率绿旗官兵居中占领山头，大将军费扬古统军列后。遵照康熙帝预授之策，清军一律下马步战，待令再行冲锋。在清军浴血奋战下，自午至暮，大败噶尔丹军，杀死叛军3000余人，生擒百余人，噶尔丹仅率数骑逃脱，清军在此战中击毙噶尔丹之妻阿努可敦。

昭莫多一战，基本上歼灭了噶尔丹的叛军力量，清军取得平叛战争的决定性胜利。噶尔丹战败后，率残部流窜于塔米尔河流域，成为一股走投无路、日暮途穷的流匪。但他顽固到底，拒不接受清政府的招抚，继续坚持分裂祖国的叛乱，作最后的垂死挣扎。

为了彻底消灭噶尔丹势力，康熙帝认为必须乘其新败之后，捣其巢穴，以其“万年之计”。康熙三十六年（1697年）2月，康熙帝举行第三次平叛的军事行动，命费扬古、马恩哈分别统率两路大军，共6000人，由宁夏出发，进剿噶尔丹残部。4月，康熙帝亲赴宁夏，指挥这次军事行动。正当清军进发之时，噶尔丹集团内部分崩离析，众叛亲离，军队只剩下五六百人，噶尔丹成了孤家寡人。在清军征剿下，噶尔丹走投无路，遂饮药自尽。至此，沙俄支持下的噶尔丹的民族分裂叛乱被清政府平定下去。噶尔丹败死后，他的侄子策妄阿拉布坦继续任准噶尔部台吉，准噶尔部又逐渐强大起来，和清政府发生矛盾冲突。

康熙五十四年（1715年），策妄阿拉布坦在沙俄支持下，又发动叛乱，率兵2000人窜入哈密北境，侵掠五寨。后见哈密戒备森严，无法占据，又改为窜扰西藏。清政府得知策妄阿拉布坦派兵往西藏，即令出兵围剿。

康熙五十七年（1718年），康熙帝命皇十四子爱新觉罗·胤禵为抚远大将军，统帅大军，驻节西宁，指挥进藏平叛的各路清军。康熙五十九年（1720年），清军两路从青海和四川出发，进军西藏，大败准噶尔军，大策凌敦多布狼狈而逃，率残部逃回伊犁。

康熙帝没有能彻底平定准噶尔贵族的叛乱就于康熙六十一年（1722年）去世了。他所制定的政策，由他的儿子雍正帝、孙子乾隆帝继续推行并得到贯彻。

雍正五年（1727年），策妄阿拉布坦死，其子噶尔丹策零继为准噶尔领袖。他的内外政策基本上遵循其父的路线，对东边也没有放弃向喀尔喀扩展的意图。雍正七年（1729年），雍正帝决定发兵征讨，命侍卫内大臣傅尔丹为靖边大将军，屯阿尔泰，出师北路；命川陕总督岳钟琪为宁远大将军，屯巴里坤，出师西路，分进合击。噶尔丹策零闻讯惊恐，忙遣使要求清廷缓兵一年。雍正帝恩准。在缓兵期间，准噶尔出兵2万突袭西路清军大营，清军损失很大，清政府与准噶尔贵族之间的关系进一步破裂。

康熙逝世后，雍正继续坚持平定准噶尔贵族割据势力的斗争。雍正五年（1727年）冬，策妄阿拉布坦死，其子噶尔丹策零继位后，在沙俄支持下，继续进行叛乱活动。从雍正六年（1728年）以后，清朝多次出兵平定噶尔丹策零叛军。雍正年间的西征准噶尔之役，从雍正七年（1729年）起，到雍正十一年冬准噶尔遣使求和止，历时4年半，经历了4次大的战役，即科舍图之战、和通泊之战、鄂登楚勒之战和光显寺之战。

雍正九年（1731年）五至六月，清朝出兵平定噶尔丹策零叛军，噶尔丹策零派出士卒向清军诡称，准噶尔有一支孤军在察罕哈达，引诱清军离开科布多大本营，深入到瀚海之中，然后围歼。清朝靖边大将军傅尔丹中计，挑选精兵万人，沿科布多河西进，在博克托岭、和通泊等处中伏，损失惨重。七月初一日，清军仅存2000余人退至科布多。

在和通泊之战中大败清军后，遣部将大、小策零敦多布率兵2.6万东攻喀尔喀蒙古。清廷遣喀尔喀亲王丹津多尔济偕额附策凌率兵1.8万（一说2.8万）将其击败。随即下令于拜达里克河、翁金河一带筑城屯兵，与察罕廋尔（今蒙古国乌里雅苏台南）大营互为犄角，加强喀尔喀西部的防守。

雍正十年（1732年）七月，噶尔丹策零率兵3万，自额尔齐斯河（在今新疆境）上游，取道阿尔泰山南麓，绕避察罕廋尔清军大营，潜至杭爱山厄得勒河（依德尔河）地区，攻掠喀尔喀首领哲卜尊丹巴领地。策凌等奉命率兵疾驰本博图山（乌里雅苏台东南）阻击。八月初，准噶尔军侦知策凌西出，即突袭其塔米尔城（今车车尔格勒西南）牧地。策凌途中闻警，回师驰救，率所部2万人（一说3万）乘夜绕道出山背向塔米尔逼近，黎明时督兵从山上突下，突袭准噶尔军营地。准噶尔军人不及甲，马不就鞍，仓皇向东南溃逃。清军追至喀喇森齐泊，激战二日屡捷。继追至杭爱山南麓，该地右阻山，左逼水，道路狭窄，光显寺（今乌兰巴托西部哈拉和林额尔德尼昭）横亘于中，大军不易通行。清军趁准噶尔军慌乱之际，设伏兵万余于山侧，又遣一部背水列阵，诱其往攻。旋佯败，弃甲沿河而走，待准噶尔军进入谷地，伏兵突起冲杀。准噶尔军顿时大乱，被击杀万余人，欲渡河逃生者又被对岸清军击于半渡，溺死甚众。噶尔丹策零率残部乘夜拼死突围，尽弃辎重牲畜塞满山谷，迟滞清军前进，自鄂尔浑河逃遁。此战，准噶尔部元气大伤。雍正十二年（1734年），噶尔丹策零向清廷请和罢兵，乾隆初年议和告成。

乾隆十年（1745年），噶尔丹策零死去，策妄多尔济那木扎尔继位。

乾隆十五年（1750年），策妄多尔济那木扎尔被杀，其兄喇嘛达尔扎篡位。乾隆十七年（1752年），沙俄派人欲收买和硕特拉藏汗之孙阿睦尔撒纳和准噶尔部大策凌敦多布之孙达瓦齐来推翻喇嘛达尔札，妄图使他们取而代之，建立傀儡政权，阴谋未能得逞，后达瓦齐和阿睦尔撒纳叛逃至哈萨克。同年底，阿睦尔撒纳唆使达瓦齐暗选精兵一千五百行，采取买通内奸和突然袭击的手段，杀死喇嘛达尔扎，篡夺了汗位。乾隆十九年（1754年），阿睦尔撒纳被达瓦齐打败，率领2万余人投奔清朝。清政府认为统一西北地区的条件已经成熟，决定命将出师，消灭准噶尔贵族割据政权。

1754年，清政府决定分兵两路远征伊犁，平定达瓦齐割据势力。乾隆二十年（1755年）二月，乾隆调集五万兵、十四万匹马，派阿睦尔撒纳为定边左副将军、萨喇勒为定边右副将军，分两路向准噶尔进攻。阿的一路，由乌里雅苏台出发，归定北将军班第节制；萨喇勒的一路，由巴里坤出发，归定西将军永常节制，由巴里坤向伊犁地区进发。由于厄鲁特和西域各族人民对准噶尔贵族的内讧和残暴统治十分不满，希望早日实现统一和安定局面，也由于清朝政府制订和贯彻了对准噶尔比较稳妥的政策，因而清政府统一西北的行动，受到牧民和各族人民的支持和拥护。当清军往征达瓦齐途中，准噶尔部大的封建主有的数千户，小的数百户，都拿着奶酪、羊马，络绎不绝前来迎接清军，没有一个抵抗清军的。达瓦齐没有料到清军会提前行动，部下的不战而降使其阵脚大乱，仅带亲信七十余人逃往天山以南投奔乌什，结果为乌什城阿奇木伯克霍集斯擒获送交清军。

清廷消灭达瓦齐势力后，决定“将卫拉特分封四汗，赏功策勋，用奖劳绩”。封车凌为杜尔伯特汗，阿睦尔撒纳为辉特汗，班珠尔为和硕特汗，噶勒藏多尔济为绰罗斯汗，并晋封阿睦尔撒纳为双亲王，食亲王双俸。但阿睦尔撒纳并不满足。他归附清朝，本就是一个策略，现在借清廷之手已把自己最大的对手达瓦齐势力消灭，统治四卫拉特成为他下一个目标。阿睦尔撒纳在率领清军进兵伊犁前，就通过班珠尔、纳噶察等亲信制造他要当四部总汗的舆论。达瓦齐被擒后，他便以总汗自居。他虽贵为清朝的亲王、定边左副将军，但不用清纛（古代军队中的大旗），不穿官服，不戴清廷所授黄带孔雀翎，不用清朝所颁官印，并启用噶尔丹策零时珲台吉菊形篆印行文各部，并“用钤记行文，调兵九千”至布鲁特、哈萨克边境，拥兵自重。

对阿睦尔撒纳的这些行为，清廷和乾隆帝早有察觉，便指示定北将军班第力促阿睦尔撒纳早日入觐，欲在其到达内地后将其剪除。诡计多端的阿睦尔撒纳亦察觉到事情有变，他于八月初十日从伊犁起程入觐，一路迟延不进，窥测局势，行至乌隆古河时，阿睦尔撒纳便公开反叛，并急驰至伊犁。八月二十九日，阿睦尔撒纳军包围了班第的镇守军，清军只有500人，班第、鄂容安兵败自杀，萨喇尔被俘。面对突变的形势，乾隆帝及时采取了一些措施。乾隆二十年 （1755年）九月，乾隆帝重封卫拉特四部汗王，噶勒藏多尔济为绰罗斯汗，车凌为杜尔伯特汗，沙克都尔曼济为和硕特汗，巴雅尔为辉特汗，台吉3人封公，4人授扎萨克一等台吉，7人授扎萨克，宰桑2人授内大臣，5人为散秩大臣。这一措施旨在稳定卫拉特贵族之心，解除后顾之忧。随即令策楞为定西将军、达尔党阿为定边左副将军、扎拉丰阿为定边右副将军，组织第二次远征伊犁。

乾隆二十一年（1756年）二月，西路军由策楞、玉保统率，北路军由哈达哈等统率，向伊犁进发。阿睦尔撒纳反叛后，并没有出现如他所预期的纷起响应反清的局面。许多首领反叛不久就倒戈相向，与阿睦尔撒纳为敌。准噶尔部再次陷入混战之中。阿睦尔撒纳面对清廷大军压境，无法组织有效抵抗。为缓兵计，他曾两次伪装投诚，并取得清军信任，停止对他的追剿，赢得了喘息时间，却使清军在近一年的追剿中无所进展。乾隆二十二年（1757年）二月，清廷调整统帅，决心全歼阿睦尔撒纳。命成衮扎布为定边将军，兆惠为定边右副将军，车布登扎布为定边左副将军，调集满洲、索伦、蒙古、察哈尔、吉林等地兵马，兵分两路，再次征伐准噶尔。

此时，准噶尔内叛乱的诸台吉、宰桑等，内讧不已，加之部落内瘟疫流行，人畜大量死亡。六月，清军几乎兵不血刃顺利抵达伊犁。阿睦尔撒纳再次逃入哈萨克阿布赉汗处。当时，阿布赉慑于清廷的威力，恐招致清军的攻击，就遣使向清廷表示愿将阿睦尔撒纳擒献清廷。此举被阿睦尔撒纳觉察，乘夜带妻子亲随8人，盗马沿额尔齐斯河投奔俄国。沙俄一直在密切关注着准噶尔的形势，并屡屡向阿睦尔撒纳表示欢迎其投诚，故阿睦尔撒纳投奔俄国绝不偶然。乾隆二十二年（1757年）九月，阿睦尔撒纳染上天花病死，时年35岁。当阿睦尔撒纳逃往沙俄时，乾隆帝即命理藩院行文沙俄外交部进行交涉，要求其按两国商定的彼此不纳逃人的协议，交出阿睦尔撒纳。沙俄则推延不交。直到阿睦尔撒纳死后，沙俄才将其尸交给清朝。

1759年8月，清军抵达喀什噶尔，平定了支持阿睦尔撒纳作乱的大和卓波罗尼都和小和卓霍集占兄弟的叛乱。这年秋天，天山南路完全平定，结束了西北地区长期以来的分裂局面。

清军平定准噶尔贵族的叛乱，维护祖国统一、反对民族分裂。巩固了清朝对西北边疆地区的统治，打击了沙皇俄国的侵略势力。清军粉碎噶尔丹的分裂企图，驱逐入藏的准军，平定青海罗卜藏丹津的叛乱，粉碎达瓦齐、阿睦尔撒纳的叛乱活动，将北疆地区纳入中国版图。乾隆皇帝把这片失而复得的疆域命名为“新疆”，立碑纪念。乾隆二十六年（1761年）至四十四年（1779年），清政府设立最高行政、军事长官伊犁将军，修建“伊犁九城”。其中保存完好的惠远城曾经是伊犁的政治、军事中心伊犁将军府所在地，总管天山南北、巴尔喀什湖以东以南地区的军政事务。

清政府平定准噶尔贵族叛乱，消除了西部边疆的分裂割据状况，加强了对西部边疆地区的管理，进一步促进了全国的统一。平叛之后，废除了准噶尔游牧封建贵族所实行的农奴制统治，促进了西部边疆地区社会经济的发展。清廷在平定天山北路准噶尔部和天山南路的“回部”之后，随即采取一系列措施，加强清廷对新疆的统治。

清朝强化了新疆地方的统治机构，乾隆二十七年（1762年）设置“总统新疆南北两路事务”的伊犁将军，驻扎伊犁，统辖全疆军政事务。然后在新疆北路设置乌鲁木齐都统和塔尔巴哈台参赞大臣，管辖乌鲁木齐、巴里坤、吐鲁番、塔城诸处军政；又在新疆南路设置喀什噶尔参赞大臣，下辖叶尔羌、和阗、英吉沙尔、乌什、阿克苏、辟展、巴里坤、哈密等处的办事大臣，以及吐鲁番的领队大臣。对于天山南路的“回部”维吾尔族聚居区，仍承袭原有的伯克制，各城仍设阿奇木伯克（即正城主）和伊什罕伯克（即副城主），但均由参赞大臣奏请皇帝简放，品级自三品至七品不等，管理当地的回城民政事务。

为了发展新疆经济和加强对新疆地区的统治，清廷在新疆各地大力开展屯田。东起巴里坤，西至伊犁河，广泛垦田开荒。早在康熙、雍正年间用兵准噶尔时，即于新疆屯田，乾隆年间，屯田范围日广。据不完全统计，乾隆三十一年（1766年）仅新疆绿营军的营屯亩数已达179290 亩；到乾隆四十年（1775年）时，仅新疆募民屯垦的户屯亩数已达280253 亩。在大兴屯田的同时，为了繁荣工商业，清廷在阿克苏设铸钱局，铸造“乾隆通宝”铜币，发行新疆各地。

新疆地处西部边陲，交通不便，为了及时传递消息，清廷在天山南北主要交通线普遍设立“军台”。