1853年，由于丹麦国王弗雷德里克七世似乎无法生育，在继承丹麦王室的主支断绝后，经得欧洲大国的同意，克里斯蒂安被丹麦国王弗雷德里克七世选定为丹麦王位的假定继承人。克里斯蒂安之所以会被选择为王位的假定继承人，是因为她的妻子黑森-卡塞尔的路易丝公主是丹麦国王克里斯蒂安八世的外甥女，她与丹麦王室之间的血缘关系比克里斯蒂安更加亲近。

弗里德里克七世的无后使丹麦王位的继承变成了一个棘手的问题。丹麦坚持履行萨利克继承法并且石勒苏益格-荷尔斯泰因内部德语区的民族主义的迅速发展使事情被和平解决的希望全部破灭。草案决定将两个公国维系在一起，但是丹麦的部分地区对此感到不满。与此同时，丹麦采用了萨利克继承法，这只影响到了第一位丹麦的世袭君主丹麦国王弗雷德里克三世的后代（在此之前，王位继承人由官方选举产生）。随着无后的弗雷德里克七世和他同样无子的叔叔斐迪南王子的去世，弗雷德里克三世的男性支系相继断绝。当时，弗雷德里克三世在颁布王位继承法时还提供了一个半萨利克继承法。然而，由于该法律对王位是否能由血缘最亲密的女性继承这一规定尚不明确，因此，对继承法的不同解读也使王位继承出现了多种顺序。

正如众多欧洲国家所目睹的一样，许多绍恩堡的黑尔维希（奥尔登堡伯爵夫人）的后代开始争夺丹麦王位。弗雷德里克七世是黑尔维希主支的后代。1863年，石勒苏益格-荷尔斯泰因-宗德堡-奥古斯滕堡公爵弗雷德里克八世（未来的德皇威廉二世的岳父）正式宣布自己为石勒苏益格-荷尔斯泰因公爵弗雷德里克八世。在奥古斯滕堡的弗雷德里克的父亲宣布放弃（为了换取金钱）石勒苏益格-荷尔斯泰因两个公国的第一顺位继承权后，弗雷德里克在石勒苏益格-荷尔斯泰因成为了德国民族独立运动的象征。1852年5月8日，根据伦敦协议，第一次石勒苏益格战争结束，鉴于奥古斯滕堡的弗雷德里克的父亲放弃了继承权，弗雷德里克被认为已无资格继承公爵爵位。

与弗雷德里克七世血缘关系最亲近的是她的姑姑丹麦的夏洛特公主，她后来与黑森家族的旁支后代结婚。然而，她的女儿们并不是丹麦王室的男系后代，因此她们并不是继承石勒苏益格-荷尔斯泰因公爵领地的合适人选。根据弗雷德里克三世最初颁布的长子继承法，没有留下后代的卡洛琳公主被认为是最有资格继承丹麦王位的女性继承人，她是已故的丹麦国王弗雷德里克六世的长女；紧接着是弗雷德里克六世同样没有留下后代的次女丹麦的威廉明妮·玛丽公主，石勒苏益格-荷尔斯泰因-宗德堡-格吕克斯堡公爵夫人；再之后的是弗雷德里克六世的妹妹，与石勒苏益格-荷尔斯泰因-宗德堡-奥古斯滕堡公爵弗雷德里克·克里斯蒂安二世结婚的路易丝·奥古斯塔公主。石勒苏益格-荷尔斯泰因-宗德堡-奥古斯滕堡公爵弗雷德里克八世不仅有资格继承丹麦王位，同时也是石勒苏益格-荷尔斯泰因-宗德堡-奥古斯滕堡支系的首位继承人，然而只在丹麦国王弗雷德里克六世的两位没有留下任何后代的公主去世后，王位的继承权才轮到他。

格吕克斯堡家族也对丹麦的王位继承权有着巨大的兴趣。丹麦王室的一支旁支通过丹麦国王弗雷德里克五世的女儿成为了丹麦国王弗雷德里克三世的后代。最后，还有一支更加偏远的男系旁支也有资格继承石勒苏益格-荷尔斯泰因，这正是克里斯蒂安和他的三个哥哥。克里斯蒂安最大的哥哥卡尔王子没有留下后代，然而他的另外两位哥哥却有后代，并且还是男性后代。

克里斯蒂安王子成为了“没有孙子”的皇室夫妇弗雷德里克六世和玛丽王后（黑森的玛丽·索菲·弗雷德里克）的代养“孙子”，克里斯蒂安王子不仅是玛丽王后的甥孙还是弗雷德里克六世第一代表妹的后代。他被当做丹麦人培养长大，在王朝中说丹麦语的领地上生活并且没有成为一位德国民族主义者，因此，从丹麦的角度来看，克里斯蒂安王子是继承丹麦王位的相对较好的候选人。作为家族分支的男系后代，他有资格继承石勒苏益格-荷尔斯泰因，但是并不是第一顺位继承人。作为丹麦国王弗雷德里克三世的后代，他也有资格继承丹麦王位但同时也不是第一位继承人。

1842年，克里斯蒂安王子与和弗雷德里克七世血缘关系最亲近的女性亲属，黑森-卡塞尔的路易丝公主结婚。路易丝的母亲，弟弟和最大的姐姐都为了支持路易丝和她的丈夫而放弃了继承权，因此，克里斯蒂安的妻子成为了与弗雷德里克七世血缘关系最亲近的女性继承人。

1852年5月8日，伦敦协议解决了丹麦王位的继承危机。根据协议内容克里斯蒂安成为了继弗雷德里克七世和他的叔叔斐迪南王子之后的丹麦王位继承人。1853年7月31日，决议根据丹麦继承法立即生效，在弗雷德里克三世的男系后代全部断绝后，克里斯蒂安成为了整个丹麦君主政体的继承人并且获得了丹麦王子的头衔。

1863年11月15日，弗雷德里克七世去世后，克里斯蒂安继承了丹麦王位被称为克里斯蒂安九世。丹麦也因为其南部的两个省石勒苏益格和荷尔斯泰因的所属权和领地是否并入丹麦等问题立即陷入到一场危机当中。1863年11月，奥古斯滕堡的弗雷德里克在丹麦国王弗雷德里克七世去世后声称将继承这两个公国。迫于压力，克里斯蒂安签署了十一月宪法，该法规定石勒苏益格属于丹麦。这导致了丹麦于1864年与普鲁士和奥地利联盟之间爆发了普丹战争（第二次石勒苏益格战争）。1864年举行的伦敦会议以各国未能达成任何协议而告终，这场战争带来的后果对丹麦十分不利并且导致石勒苏益格于1865年并入普鲁士的领土。荷尔斯泰因也同样于1865年并入奥利地，并且又在奥地利于普鲁士之间爆发的进一步冲突中于1866并入普鲁士。

由于失去了石勒苏益格和荷尔斯泰因，克里斯蒂安开始在背后默默支持丹麦政府接触普鲁士，并表示如果石勒苏益格和荷尔斯泰因能够并入丹麦，那么全丹麦将会加入德意志邦联。这个提议遭到了奥托·冯·俾斯麦的拒绝，他担心若同意这项提议会加剧石勒苏益格中丹麦人和德国人之间的种族冲突。克里斯蒂安九世的谈判内容直到汤姆·布克-史温蒂斯所著的《Dommedag Als》一书于2010年出版后才被公开，汤姆·布克-史温蒂斯得到了丹麦女王玛格丽特二世的授权能够进入皇家档案馆。

1864年的失败给克里斯蒂安九世多年的统治笼罩上了阴影。由于崇尚独裁统治的克里斯蒂安试图阻挠民主主义思想在丹麦的传播，他的统治变得越来越不得人心，并且于1875年至1894年统治丹麦的保守党首相雅各布·布伦努姆·斯卡韦纽斯·埃斯特拉普也被多数人视为半独裁统治者。然而，他于1874年签署了一项条约，允许当时为丹麦领土的冰岛制定自己的宪法，尽管当时的冰岛依旧为丹麦统治。1901年，克里斯蒂安勉强同意约翰·亨瑞克·尤恩特泽组建新政府，这也导致了尤恩特泽内阁的形成。内阁成员包括了丹麦自由党的成员，这也是第一个不包括保守党的丹麦政府，尽管当时保守党只在议会上拥有少数的席位。这也是丹麦传统议会制度的开端，并且使克里斯蒂安在最后几年中显著提高了自己的声望。

另一项改革发生在1866年，当时，丹麦的宪法被修改以至于丹麦的上议院拥有比下议院更多的权利。社会保障也在他统治期间得到了发展。1891年，丹麦引进了养老金制度，1892年，失业救济金和家庭福利金也在丹麦得到了推广。

1898年9月29日，路易丝王后在哥本哈根附近的伯恩斯托夫宫去世。1906年1月29日，克里斯蒂安九世在统治了丹麦42年又75天后在哥本哈根的阿美琳堡王宫安然离世，享年87岁。当在克里斯蒂安堡宫的教堂内举行的遗体告别仪式结束后，他被安葬在罗斯基勒大教堂中的克里斯蒂安九世教堂内的路易丝王后的旁边，罗斯基勒大教堂从十五世纪开始就成为了历代丹麦君主的墓地。他的王位由他的长子弗雷德里克继承，即弗雷德里克八世。

克里斯蒂安九世因子女们与欧洲其他皇室的联姻获得了“欧洲岳父”的称号。他有四名子女最终成为了丹麦，英国，俄罗斯和希腊的国王或王后，并且，如果当时的汉诺威王储恩斯特·奥古斯特二世没有因为汉诺威于1866年被普鲁士并吞而被剥夺了继承王位的权利，那么，他的女儿提拉公主就将成为未来的汉诺威的王后。他的幼子瓦尔德马王子本来能够成为保加利亚的国王，但是迫于国际压力不得不放弃王位。

他的六个孩子们之所以能够获得至高无上的地位，很大程度上并不取决于克里斯蒂安本人，而是他野心勃勃的妻子黑森-卡塞尔的路易丝公主努力的结果。另一个额外因素是，丹麦并不是一个大国，所以其他的欧洲列强无需害怕欧洲权力的平衡将会因为与丹麦联姻而被打破。

克里斯蒂安九世的孙子包括：俄罗斯皇帝尼古拉二世，希腊国王康斯坦丁一世，英国国王乔治五世，丹麦国王克里斯蒂安十世和挪威国王哈康七世。

如今，欧洲的许多在位君主以及先前统治过欧洲部分地区的王室家族都是克里斯蒂安九世的嫡系后裔，大多数的欧洲君主都是克里斯蒂安的后代，包括：丹麦女王玛格丽特二世，英国女王伊丽莎白二世，比利时国王菲利普，挪威国王哈拉尔五世，西班牙国王费利佩六世以及卢森堡大公亨利。并且菲利普亲王，希腊的末代国王康斯坦丁二世和他的妻子前希腊王后，丹麦的安妮-玛丽公主，前罗马尼亚国王米哈伊一世和他的妻子，前罗马尼亚王后，波旁-帕尔玛的安妮公主和西班牙王后，希腊和丹麦的索菲亚公主也是克里斯蒂安九世的后代。

子女参考资料来源

克里斯蒂安九世的官方完整头衔为：Christian IX, By the Grace of God, King of Denmark, of the Wends and of the Goths; Duke of Schleswig, Holstein, Stormarn, the Ditmarsh, Lauenburg and Oldenburg.