1999年，天命真女发行第2张专辑《The Writing's on the Wall》，并凭借该专辑的单曲《Say My Name》获得第43届格莱美奖“最佳R&B歌曲”与“最佳R&B组合”两个奖项。该专辑发行后，组合成员莱托雅·拉科特、拉塔薇亚·罗伯森认为组合的经纪人马修·诺斯（碧昂丝的父亲）在组合的利益分红上偏袒碧昂丝，因而表示不满，他们之间的矛盾最终发酵为成员离队以及司法诉讼。2000年，天命真女经历了司法诉讼和成员更替之后，最终剩下碧昂丝、凯莉·罗兰和米歇尔·威廉斯三人。

碧昂丝在天命真女团体时期便开始进行独唱事业，首先与同唱片公司的马克·纳尔逊合唱《After All Is Said and Done》，该曲为1999年电影《伴郎》的配乐。2001年初，在天命真女的第3张专辑《Survivor》的录制期间，碧昂丝接演了MTV制作的电视电影《卡门：嘻哈戏剧》，担任重要角色，与米基·菲弗一同演出。

2001年，在发行圣诞专辑《8 Days of Christmas》后，天命真女宣布暂时中断演出，碧昂丝开始发展个人事业。

2002年，碧昂丝接演了喜剧电影《王牌大贱谍3》，并录制了首张个人单曲《Work It Out》，作为该电影的配乐。2003年，碧昂丝主演喜剧电影《亿万唱诗班》，并为该电影录制多首原声歌曲。

2003年6月，碧昂丝推出个人第一张专辑《Dangerously in Love》，该专辑获得公告牌200强专辑榜冠军。该专辑的单曲《Crazy In Love》与《Baby Boy》分别获得公告牌百强单曲榜8周与9周冠军。该专辑获得第46届格莱美奖“最佳当代R&B专辑”奖，单曲《Crazy In Love》获得“最佳R&B歌曲”与“最佳说唱合作”奖，碧昂丝亦凭借专辑收录曲《Dangerously in Love 2》获得“最佳R&B女歌手”奖，与路德·范德鲁斯合作的歌曲《The Closer I Get to You》获得“最佳R&B合作”奖。2004年，碧昂丝获得第24届全英音乐奖“最佳国际女歌手”奖。

经过三年的休息，天命真女于2004年限定回归，发行第4张录音室专辑《Destiny Fulfilled》。天命真女早期的歌曲大部分由碧昂丝创作，《Destiny Fulfilled》的创作贡献更加平衡，每个团员都参与了歌曲创作和制作过程。该专辑登上公告牌200强专辑榜亚军之位，单曲《Lose My Breath》与《Soldier》均登上公告牌百强单曲榜季军之位。2005年，为宣传该专辑，天命真女举办了“Destiny Fulfilled ... And Lovin' It”世界巡回演唱会，并在西班牙巴塞罗那演出时宣布团体正式解散。8月，天命真女获得世界音乐奖“有史以来最畅销女子团体”的称号。10月，天命真女推出了最后一张专辑《#1's》。

2006年3月，天命真女获得好莱坞星光大道的星形奖章。同年，碧昂丝出演电影《粉红豹》，饰演角色“仙妮亚”。由碧昂丝演唱的电影原声歌曲《Check on It》于公告牌百强单曲榜上获得5周冠军。

2005年下半年，碧昂丝暂缓第2张个人专辑的筹备工作，在音乐剧电影《追梦女郎》中饰演女主角Deena Jones，与杰米·福克斯、埃迪·墨菲和詹妮弗·哈德森共同演出，也使她成为片酬最高的黑人女演员之一。该片于2006年底上映。碧昂丝也为了此片录制《Listen》等多首原声带歌曲。12月14日，碧昂丝凭借该电影提名第64届美国电影电视金球奖“最佳音乐及喜剧类电影女主角”奖，《Listen》提名“最佳电影原创歌曲”奖。

2006年9月4日，碧昂丝发行第2张个人专辑《B'Day》，该专辑凭借54.1万的首周销量登上公告牌200强专辑榜冠军，并获得第49届格莱美奖“最佳当代R&B专辑”奖。专辑单曲《Déjà Vu》登上英国单曲排行榜冠军，而另一首单曲《Irreplaceable》则连续十周蝉联公告牌百强单曲榜冠军。专辑发行后，碧昂丝举办“完美体验巡回演唱会”（The Beyonce Experience），在全球90多个地点演出，包括中国上海、中国澳门特别行政区和中国台北。11月，碧昂丝获得世界音乐奖“全球最佳R&B女歌手”奖。

2008年11月18日，碧昂丝发行第3张个人专辑《I Am...Sasha Fierce》。专辑第一主打单曲《If I Were a Boy》登上公告牌百强单曲榜季军之位；第二主打单曲《Single Ladies (Put a Ring on It)》获得公告牌百强单曲榜四周冠军，由此成为碧昂丝个人第5首美国冠军单曲；第四主打单曲《Halo》获得公告牌百强单曲榜第5名，为碧昂丝第12首美国前十单曲，碧昂丝由此成为2000年代最多前十名单曲的女歌手与停留单曲榜冠军最久的女歌手。12月，参演电影《蓝调传奇》，为电影献唱的歌曲《Once in a Life time》提名格莱美奖“最佳影视歌曲”奖与美国电影电视金球奖“最佳电影原创歌曲”奖。

2009年6月，碧昂丝举办“双面碧昂丝全球演唱会”（I Am... World Tour），在全球各地巡回演出。8月，碧昂丝以《Single Ladies (Put a Ring on It)》获得第26届MTV音乐录影带奖9项提名，后于同年9月举办的颁奖典礼上获得“年度最佳MV”奖、“最佳编舞”奖与“最佳剪辑”奖。

2010年1月，在第52届格莱美奖中，碧昂丝获得十项提名，为该届提名最多的歌手，后获得“年度歌曲”、“最佳流行女歌手”、“最佳R&B女歌手”、“最佳R&B歌曲”、“最佳传统R&B演唱”及“最佳当代R&B专辑”在内的6个奖项。3月，发行与Lady Gaga合作演唱单曲《Telephone》，该曲是碧昂丝第五首英国冠军单曲。

2011年6月24日，碧昂丝发行第4张个人专辑《4》，该专辑凭借31万的首周销量登上公告牌200强专辑榜首位，次周蝉联冠军。

2013年2月16日，碧昂丝的自传体纪录片《生活就是梦》于HBO播出。3月，碧昂丝担任第47届超级碗中场秀的表演嘉宾，并与天命真女再度合体。12月13日，发行第5张专辑《BEYONCÉ》，同时释出14首单曲与17支MV，上架后3小时销量便突破8万张，发行前3日全球销量达82.8万张，5天内全球销量突破100万张，因而获得“iTunes有史以来最快卖破100万的专辑”的吉尼斯世界纪录。

2014年1月3日，《BEYONCÉ》连续第3周获得公告牌200强专辑榜冠军，三周累计销量达130万。1月25日，在公告牌网络流量单曲榜中，单曲《Drunk in Love》依靠550万的流量升至榜首，这是碧昂丝首次在该榜夺冠。4月，登上美国《时代》杂志“年度全球百位最具影响力人物排名”榜首，并登上该期《时代》杂志封面。8月，获得第31届MTV音乐录影带奖“迈克尔·杰克逊音乐录影带先锋奖”。11月，以9亿美元的年收入获得《福布斯》“年度最高收入女歌手排名”首位。12月6日，第57届格莱美奖公布提名名单，碧昂丝以52项提名的总成绩成为了格莱美音乐奖历史上拿到提名数量最多的音乐人。2015年5月27日，美国《福布斯》杂志公布了2015年度“全球百位最有权势女性榜”，碧昂丝排名第21位。

2016年2月6日，碧昂丝发行单曲《Formation》及该曲MV，次日于第50届超级碗中场秀上演唱该曲，并与布鲁诺·马尔斯（Bruno Mars）、酷玩乐队（Coldplay）共同表演。4月23日，以在线流媒体播放形式在Tidal平台上发行第6张录音室专辑《Lemonade》；同日，同名视觉影片《Lemonade》在HBO上首播。专辑中的12首歌曲全部进入公告牌百强单曲榜，其中《Formation》进入前十位。8月28日，获得第33届MTV音乐录影带奖“年度MV”奖在内的8个奖项，由此碧昂丝超越麦当娜·西科尼成为MTV音乐录影带奖获奖数最多的艺人。12月6日，提名第59届格莱美奖“年度专辑”奖等9个奖项。2017年11月19日，获得第45届全美音乐奖“最受欢迎灵魂乐/R&B女艺人”奖。2018年，登上科切拉音乐节舞台，成为该音乐节历史上首位压轴出场的黑人女性。

2019年4月17日，碧昂丝同日发行Netflix纪录片《Homecoming: A Film by Beyoncé》和音乐专辑《Homecoming: The Live Album》，前者由碧昂丝编剧、导演和制作，拍摄历时八个月，既是音乐会电影也是纪录片，展现了她在2018年科切拉音乐节上的演出，后获得第62届格莱美奖“最佳音乐电影”奖。7月15日，电影《狮子王》宣布张学友与碧昂丝联袂献声该片国际版主题曲《今夜我属于爱情》，同时碧昂丝还为该动画电影中的主角狮子娜娜配音。11月，碧昂丝获得人民选择奖“年度动画电影明星”奖。

2020年，碧昂丝发行视觉专辑《Black Is King》，由碧昂丝自导自演的同名微电影于同日公开。2022年7月29日，碧昂丝发行第7张录音室专辑《RENAISSANCE》，该专辑获得第65届格莱美奖“最佳舞曲/电子音乐专辑”奖，单曲《Break My Soul》获得“最佳舞曲/电子音乐录制”奖。截至该届格莱美奖，碧昂丝总计获得32项格莱美奖的提名，刷新其“格莱美奖提名次数最多的艺人”的纪录。

2024年3月29日，发行第8张录音室专辑《Cowboy Carter》，该专辑在发布首日的流媒体播放次数达到了7650万次，并连续2周获得公告牌专辑榜冠军。专辑发行首周，碧昂丝登顶公告牌百强艺人榜在内的18个公告牌分类榜单。4月1日，获得iHeartRadio音乐奖创新奖，该奖表彰了她对流行文化的贡献。

碧昂丝的父亲马修·诺斯（Mathew Knowles）是一名施乐公司（Xerox）的销售员，是非裔美国人，而母亲蒂娜·贝因斯（Tina Beyince）则经营着一家发廊，碧昂丝的名字是对她母亲姓氏的致敬。碧昂丝的母亲有克里奥尔（Creole）、非裔美国人、美洲印第安人和犹太人的血统，外祖父母是讲法语的路易斯安那克里奥尔人。

2008年4月4日，碧昂丝与Jay-Z在纽约完婚，两人是音乐界首对个人资产突破10亿美元的夫妇。2011年8月28日，碧昂丝在第28届MTV音乐录影带奖颁奖典礼上宣布怀孕。2012年1月7日，碧昂丝诞下女儿布鲁·艾薇·卡特（Blue Ivy Carter）。2017年2月1日，碧昂丝宣布怀上双胞胎，同年6月13日，双胞胎诞生，两个孩子分别命名为瑟儿·卡特（Sir Carter）和鲁米·卡特（Rumi Carter）。在怀孕期间，碧昂丝患上了血毒症，在生产几个月后才恢复健康。

碧昂丝参与了专辑中几乎所有歌曲的创作，所表现出来的最令人赞叹的并不是她演唱的天才，也不是她出色的创作，而是她在专辑中演唱的意境，她的投入，倾情的演唱使人感到她已经融化到了歌曲中去，她的演唱真正让人感觉到了她的成熟。出道后，碧昂丝一直致力于展示黑人女性的强大与美丽（尽管她是混血），她知道一个人总有高潮和低谷，难免孤掌难鸣，被潮流抛弃，所以碧昂丝创造潮流，保证自己久立潮头。和碧昂丝差不多级别的欧美艺人，像她这样二三十年仍能坚挺于乐坛的鲜有他人。（浙江在线、澎湃新闻综合评）

2007年4月16日，The Royalty Network公司向曼哈顿联邦法院提出对碧昂丝的控告，碧昂丝在未经允许的情况下翻唱黛丝瑞为电影《罗密欧与茱丽叶》所演唱的抒情曲《I'm Kissing You》，并将该曲擅自改名为《Still in Love (Kissing You)》并重新演唱，收录在专辑《B'Day》中。版权公司要求碧昂丝要付出15万美金的赔偿金，也向法官提出禁止收录《I'm Kissing You》的《B'Day》豪华版专辑的市场销售。

2011年，单曲《Countdown》的MV被比利时舞蹈家德·吉尔斯梅克指控抄袭编舞，碧昂丝与MV导演在事后声明中承认了抄袭。

2013年，碧昂丝出席贝拉克·侯赛因·奥巴马的总统就职典礼并演唱美国国歌，事后被爆出是假唱表演，碧昂丝因此受到来自媒体和民众的批评。